賜姓の経緯と実質的な祖・藤原不比等

飛鳥時代の645年（皇極天皇4年）、中臣鎌足は中大兄皇子（のちの天智天皇）とともに乙巳の変を起こし、蘇我氏を打倒して大化の改新と呼ばれる政治改革を推進した。その多大な功績により、669年（天智天皇8年）、死の床にあった鎌足に対して天智天皇から最高冠位である大織冠とともに「藤原」の氏（うじ）が下賜された。これが藤原氏の歴史の始まりである。

しかし、鎌足の死後、一族の多くは旧来の中臣氏に復した。のちに「藤原」の氏名を独占し、実質的な藤原氏の祖として氏族を飛躍させたのは、鎌足の次男である藤原不比等である。不比等は持統・文武・元明・元正の四代の天皇に仕え、大宝律令や養老律令の編纂を主導するなど、律令国家の体制構築に尽力した。さらに、娘の宮子を文武天皇の夫人に、安宿媛（のちの光明皇后）を聖武天皇の皇后に立てることで、皇室との間に外戚関係を築き、後の藤原氏が権力を掌握する基本モデルを確立した。

奈良時代の政争と藤原四家の成立

不比等の死後、その四人の息子である武智麻呂、房前、宇合、麻呂は、それぞれ南家、北家、式家、京家（藤原四家）の祖となり、政界の要職を占めた。彼らは729年の長屋王の変によって有力な政敵を排除し権力を握ったが、737年に天然痘の流行によって四兄弟が相次いで病死すると、橘諸兄らに実権を奪われるなど、波乱の時代を迎える。

その後も、南家の藤原仲麻呂（恵美押勝）が孝謙太上天皇や道鏡と対立して滅ぼされた藤原仲麻呂の乱（764年）や、式家の藤原百川らによる光仁天皇擁立（天智天皇系への皇統転換）など、奈良時代の藤原氏は他氏族や皇族との激しい権力闘争と、四家内部での主導権争いを繰り返しながらも、常に政界の中心に位置し続けた。

平安時代の摂関政治と北家の台頭

平安時代に入ると、四家のうち北家が圧倒的な力を持つようになる。嵯峨天皇の信任を得た藤原冬嗣を皮切りに、その子である藤原良房は、858年に臣下として初めて事実上の摂政に就任し、さらに他氏族を排斥（承和の変、応天門の変など）して北家の優位を決定づけた。続く藤原基経も関白の地位を確立し、天皇が幼少の時は摂政、成人後は関白として天皇を補佐する摂関政治の形態が整えられていった。

摂関政治の要諦は、娘を天皇の后妃（女御・中宮）として入内させ、生まれた皇子を次期天皇に据えることで、外祖父として絶大な権力を握ることにあった。11世紀前半、藤原道長とその子・藤原頼通の時代に北家は全盛期を迎えた。道長は「この世をば 我が世とぞ思ふ 望月の 欠けたることも なしと思へば」と詠んだとされ、国家の最高権力者として君臨した。また、この時期には藤原氏の豊富な財力と庇護の下で、紫式部や清少納言らに代表される国風文化（仮名文学や寝殿造など）が花開いたことも、日本文化史において極めて重要な意義を持つ。

中世以降の変容と五摂家の成立

11世紀後半、藤原氏を外戚としない後三条天皇の即位や、白河上皇による院政の開始により、摂関家の絶対的な政治権力は相対的に低下していった。さらに保元・平治の乱を経て平氏政権が成立し、鎌倉幕府が開かれるなど、武家が政治の実権を握る時代へと転換する中で、藤原氏も生き残りを図ることとなる。

鎌倉時代に入ると、北家の嫡流（摂関家）は、近衛・松殿・九条の三家に分裂した。その後、松殿家の没落を経て、近衛家から鷹司家が、九条家から二条家・一条家が分かれ、最終的に五摂家（近衛・九条・二条・一条・鷹司）として定着した。実質的な国政の運営権は武家に移ったものの、朝廷内における最高位の家柄としての権威は保持され続け、明治維新に至るまで摂政・関白の地位は原則としてこの五摂家が独占し続けた。

このように、藤原氏は飛鳥時代における一氏族への賜姓から始まり、律令国家の形成、摂関政治による貴族社会の頂点、そして中世・近世の公家社会の権威として、日本史のあらゆる時代において多大な影響を与え続けた稀有な存在である。