水上交通の要衝としての成立と発展

四方を海に囲まれ、内陸部にも河川や湖沼が入り組む日本列島において、大量の物資を輸送する手段としては古くから水上交通が最も重視されていた。室町時代から戦国時代にかけて、農業生産力の向上や貨幣経済の浸透に伴って年貢米や特産品の流通が活発化すると、瀬戸内海や日本海沿岸、あるいは琵琶湖などの要衝に「津」や「泊」と呼ばれる港町が多数形成されるようになった。

これらの港町には、各地から商品を運ぶ廻船が集まり、物資の保管や委託販売を行う問屋（とんや）、高利貸しを営む土倉（どそう）、馬借や車借などの運送業者が集住した。物資の集散地としての機能は、港町に莫大な富をもたらし、単なる交通の結節点から、巨大な経済力を持つ商工業都市へと成長していく原動力となった。

安土桃山時代の経済政策と港町の繁栄

安土桃山時代（織豊期）に入ると、港町の重要性はさらに高まった。全国統一を目指す織田信長や豊臣秀吉は、軍需物資の調達や豊かな財源の確保のために、流通経済の掌握を極めて重視した。彼らは関所の撤廃や楽市・楽座の政策を推進し、商工業者の自由な営業を保護することで物流を飛躍的に活性化させた。

大名たちも自国の富国強兵のため、領内の良港を整備して商人を呼び込んだ。この時代、港町は国内の広域な廻船網の中心としてだけでなく、南蛮貿易（ポルトガルやスペインとの貿易）や朱印船貿易の拠点としての機能も併せ持つようになり、国際色豊かな都市文化が花開いた。鉄砲や生糸などの重要物資は港町を経由してもたらされ、政治的・軍事的にも港町を支配することが天下人の絶対条件となっていた。

自治都市としての性格：堺・博多・大湊

戦国時代から安土桃山時代における有力な港町を特徴づけるのが、豪商たちによる自治都市としての性格である。その代表格が和泉国の堺である。日明貿易や南蛮貿易で莫大な富を築いた堺は、周囲に堀を巡らせて防御を固め、会合衆（えごうしゅう）と呼ばれる36人の有力商人によって都市運営が行われた。キリスト教の宣教師はその繁栄と独立性を「東洋のベニス」と称賛している。

また、筑前国の博多も日朝貿易や日明貿易の玄関口として栄え、年行司（ねんぎょうじ）と呼ばれる12人の豪商を中心に自治が行われていた。伊勢国の大湊も自治的特権を持ち、太平洋海運の拠点として造船業や水運業を独占した。これらの港町は、時に戦国大名に対抗しうるほどの経済力と武力（傭兵）を有していたが、最終的には圧倒的な軍事力を誇る織豊政権の支配下に組み込まれていくこととなる。

近世社会への移行と港町の変容

豊臣政権から江戸幕府へと権力が移行する過程で、港町は中央集権的な統制を強く受けるようになった。秀吉は堺や博多、長崎などの重要港町を直轄地（蔵入地）として代官を派遣し、強力な支配下に置いた。江戸時代に入ると、幕府による鎖国政策（海禁政策）の完成により、長崎などを除いて港町から「国際貿易港」としての性質は失われた。

一方で、近世においては西廻り航路や東廻り航路、菱垣廻船・樽廻船などの国内航路が全国規模で整備された。これにより、酒田（出羽国）、新潟（越後国）、兵庫（摂津国）など、各地方の年貢米や特産品を大坂や江戸へ運ぶための国内物流拠点として、港町は新たな段階の繁栄を迎えることになる。また、大名が城下町を海や河川に面した場所に築き、「城下町兼港町」として発展するケースも多く見られた。