神仏習合の進展と理論の形成

日本への仏教伝来以降、在来の神祇信仰と仏教は対立と融合を繰り返しながら結びついていった。奈良時代には、日本の神も人間と同様に煩悩に苦しんでおり、仏法に帰依して解脱を求めているとする「神身離脱（しんしんりだつ）」の思想が現れ、各地の神社の境内に神宮寺が建立されるようになった。

平安時代に入ると、天台宗や真言宗といった密教が盛んになり、仏教がより土着化・大衆化していく過程で、在来の神々と仏教の仏たちの関係性をさらに体系づける必要性が生じた。こうして平安時代中期頃から唱えられるようになったのが本地垂迹説である。この理論の背景には、『法華経』などにおける、久遠実成の仏（本来の仏）と歴史上に現れた釈迦（仮の姿）の関係性を説く仏教論理が応用されている。

本地と垂迹：仏主神従の論理

本地垂迹説とは、宇宙の真理であり絶対的な存在である仏や菩薩を「本地（本来の姿）」とし、それが日本の衆生を救済するために、機根（人々の性質や能力）に合わせて仮の姿である「垂迹（迹を垂れる）」として現れたのが日本の神々であるとする思想である。

この思想の最大の特徴は、明確な仏主神従（仏が主であり神が従である）の立場をとっている点にある。これによって、日本の神々は仏・菩薩の化身として高度な宗教的権威を与えられ、主要な神々にはそれぞれ特定の「本地仏」が当てはめられるようになった。例えば、天照大神の本地は大日如来（または十一面観音）、八幡神の本地は阿弥陀如来とされた。この思想の普及により、神社に仏像（本地仏）が安置されたり、神前で読経が行われたりする神仏混淆の形態が一般化した。

中世宗教への展開と反本地垂迹説

本地垂迹説は、平安時代末期から鎌倉時代にかけての日本の中世社会において、宗教や文化に絶大な影響を与えた。神仏の霊験や由緒を説く「寺社縁起」が多数編纂され、仏と神が一体化した熊野信仰などを基盤とする修験道が隆盛を極めた。また、美術の分野でも、神の姿を描きながらその上部に本地仏を配した垂迹曼荼羅などが多数制作された。

一方で、鎌倉時代後期から南北朝時代にかけて、元寇などの対外危機を背景に神国思想が高揚すると、本地垂迹説の論理を逆転させ、神こそが本来の姿（本地）であり、仏は神が仮に現れた姿（垂迹）であるとする反本地垂迹説（神本仏迹説）が台頭した。伊勢神宮の神官である度会家行が唱えた伊勢神道（度会神道）や、室町時代の吉田兼倶による吉田神道（唯一神道）などはその代表例である。

このように、本地垂迹説は中世以降の神道理論の発展を促す契機ともなった。神仏を一体のものとして捉える本地垂迹説に基づく宗教生活は、明治政府によって神仏分離令が出されるまで、長らく日本社会の基本であり続けたのである。