和人による交易独占と不満の蓄積

江戸時代初期、徳川幕府から蝦夷地におけるアイヌとの交易独占権を公認された松前藩は、家臣に対して特定の交易場（商場）での独占的な交易権を知行として与える商場知行制（あきないばちぎょうせい）を敷いていた。当初、アイヌと和人の交易は比較的対等な関係で行われていたが、和人側が次第に交換レートを一方的に改悪するなど、不平等な取引を強制するようになった。

加えて、砂金採掘や鷹の捕獲などを目的として蝦夷地へ流入した和人による横暴や搾取も相次ぎ、アイヌ社会には和人（アイヌ語で「シサム」や「シャモ」）に対する強い不満と危機感が鬱積していった。

アイヌ内部の抗争から対和人戦争への転換

当時、日高地方ではシブチャリ（現在の北海道新ひだか町静内）を拠点とする首長シャクシャインと、ハエ（現在の新冠町）を拠点とする首長オニビシとの間で、漁猟権などを巡る激しい部族間抗争が続いていた。松前藩は両者の調停を試みる一方で、この対立を利用してアイヌの分断を図っていた。

1668年、シャクシャインは抗争の末にオニビシを討ち取った。その後、敗れたオニビシ側のアイヌが松前藩に武器の援助を求めた際、松前藩の役人によって殺害されるという事件が発生する。さらに「松前藩がアイヌを皆殺しにしようとしている」という噂が広まったことで、長年蓄積されていた和人への敵意が一気に爆発。1669年（寛文9年）、シャクシャインは蝦夷地各地のアイヌに和人討伐を呼びかけ、東西のアイヌが呼応して一斉に蜂起した。

松前藩の反撃と幕府の介入

蜂起したアイヌ軍は、各地の交易船や鷹待（鷹の捕獲者）、砂金掘りの和人を次々と襲撃し、数百人の和人が犠牲となった。勢いに乗るアイヌ軍は、松前藩の本拠地である和人地（松前・箱館周辺）を目指して進軍を開始した。

これに対し、藩の存亡の危機を感じた松前藩主・松前矩広は、江戸幕府に救援を要請した。幕府はこれを単なる辺境の反乱にとどまらず、幕藩体制の根幹を揺るがす事態と重く受け止め、津軽藩をはじめとする東北諸藩に出兵を命じ、大量の鉄砲や兵糧を松前藩に提供した。圧倒的な威力を持つ鉄砲で武装した松前藩軍に対し、弓矢（毒矢）を主武器とするアイヌ軍は次第に劣勢に立たされ、シャクシャインは拠点であるシブチャリのチャシ（砦）への後退を余儀なくされた。

謀略による結末とアイヌ支配の強化

武力での完全鎮圧が困難であり、長期戦への突入を危惧した松前藩は、シャクシャインに対して和睦を申し入れた。1669年10月、ピポク（現在の新冠町）での和睦の儀式の席上、酒を飲んで油断したシャクシャインは松前藩兵によって騙し討ちにされ、暗殺された。指導者を失ったアイヌ軍は急速に崩壊し、反乱は完全に鎮圧された。

このシャクシャインの戦いでの敗北により、アイヌが和人に対して持っていた「対等な交易者」としての地位は完全に失われた。松前藩はアイヌに対して絶対的な服従を誓わせ、自らに極めて有利な交易条件を押し付けることとなった。これは、後に和人商人が直接漁場を経営し、アイヌを過酷な労働力として使役する場所請負制へと移行していく決定的な転換点となった。

なお、本事件は、1457年のコシャマインの戦い、1789年のクナシリ・メナシの戦いと並び、アイヌ民族による最大規模の対和人蜂起の一つとして日本史上に位置づけられている。