荘園の「重層的支配」と本所の成立

平安時代中期以降、各地の開発領主たちは、国司による課税を免れるために自らの土地を中央の有力貴族や寺社に寄進する「寄進地系荘園」を形成していった。これにより、荘園の支配構造は、現地を管理する下司や公文（開発領主）、一次寄進先である「領家（りょうけ）」、さらにその上層で最高権威として仰がれた「本家（ほんけ）」というように、複数の主体が利益を分配し合う「職（しき）の体系」と呼ばれる重層的な利権・支配構造を持つに至った。

この重層的な領主関係の中で、その荘園に対する実質的な裁判権（本所裁許）や支配権を保持し、年貢・公事などの最大の収益を得る主体を「本所」と呼んだ。通常、領家がその実務的な権限を握って本所となるケースが多かったが、皇室や摂関家などの有力な本家が領家を圧倒して本所となる場合もあり、荘園ごとにその実態は多様であった。

本所権力の特徴と独自の法秩序

本所は単なる年貢の不労所得者ではなく、国家（公家政権）の国法から自立した独自の支配権力を振るった。これを「本所権力」と呼ぶ。本所は自らの荘園内に国司の使者（検非違使など）が入ることを拒絶する「不入の権」を盾に、自前で警察権を行使した。

さらに、本所は「本所法」と呼ばれる独自の法秩序を制定・運用し、荘園内で発生した紛争や犯罪を裁く裁判権を有していた。このように、中世の日本においては、天皇や朝廷という中央政府が一元的に支配していたのではなく、本所を長とする「権門（けんもん）」（貴族・大寺社などの特権集団）が、それぞれの領地で自律的な統治を行う分権的な社会が形作られていた。

武家政権の台頭と本所の衰退

鎌倉時代に入り、源頼朝が各地の荘園に「地頭」を配置すると、本所による一元的な統治は揺らぎ始めた。軍事力を背景とする地頭は、本所への年貢を滞納したり、荘園の土地を不法に押領したりするなどの専横を繰り返した。これに対し、本所側は朝廷や幕府に訴え出て抵抗したが、武士の実力行使を完全に阻止することは困難であった。

この結果、本所と地頭の間で妥協が図られ、土地や年貢を折半する「下地中分（したじちゅうぶん）」や、地頭に定額の年貢納入を請け負わせる「地頭請（じとううけ）」が結ばれるようになり、本所の実質的な支配権は次第に侵食されていった。その後、室町時代の守護領国制の展開や戦国大名による一円支配の確立を経て、最終的には豊臣秀吉の「太閤検地」によって荘園制そのものが完全に解体されたことで、本所は歴史の表舞台から消滅した。