将軍権力との対立と「万人恐怖」への危機感

室町幕府において守護大名の有力家系であった赤松氏は、播磨などを領国とし、侍所の長官を務める「四職」の一角として高い地位を誇っていた。しかし、将軍権力の強化を目指す室町幕府にとって、赤松氏をはじめとする有力守護は抑制すべき存在であった。満祐が家督を継承した際にも、第5代将軍足利義持によって播磨守護職の一部を没収され、一族の赤松持貞に与えられそうになるなどの介入（播磨中分国問題）を経験し、幕府への不信感を募らせていた。

その後、第6代将軍となった足利義教は、有力守護大名の家督相続に次々と介入し、斯波氏、畠山氏、一色氏などの当主を没落・粛清させる強権政治を展開した。世間に「万人恐怖」と恐れられたこの義教の専制政治に対し、満祐は「次は自分が標的になるのではないか」という強い危機感を抱く。実際に、義教が満祐を排除し、自身の側近である赤松貞村（満祐の従弟）に赤松氏の惣領（家督）を継がせようとする動きを見せたことで、満祐は追い詰められていった。

「嘉吉の変」の勃発と幕府権威の失墜

1441（嘉吉元）年6月、満祐は結城合戦の勝利を祝うという名目で、将軍足利義教を京都の自邸（赤松邸）に招待し、酒宴を開いた。宴がたけなわとなった頃、満祐らは庭に放たれた馬が暴れたと見せかけて騒ぎを起こし、これを合図に義教を斬殺した。この前代未聞の将軍暗殺事件は嘉吉の変（嘉吉の乱）と呼ばれる。

満祐は直ちに邸宅を焼き払い、自領である播磨へ退去した。足利義教の強権に萎縮していた幕府の有力守護たちは当初、討伐軍の結成に手間取ったが、最終的に山名持豊（宗全）らの守護大名を中心とする幕府軍が播磨へ派遣された。満祐は城山（きのやま）城に拠って抵抗したものの、討伐軍の猛攻に抗しきれず、自刃して果てた。これにより赤松本家は一時滅亡（後に長禄の変での功績により再興）することとなった。

この赤松満祐による将軍暗殺は、室町幕府の歴史における大きな転換点となった。絶対的な権力を誇った「室町将軍」の権威は地に落ち、これ以降、政治の実権は再び守護大名たちの合議制へと引き戻されることとなる。さらに、室町幕府による秩序維持能力の低下が露呈したことで、各地で国一揆や土一揆が頻発するようになり、後の応仁の乱、そして戦国時代（下剋上の時代）へと向かう歴史の流れを決定づけることとなった。