制定の背景とアイヌの生活破壊

明治維新後、明治政府はロシアに対する防備と資源開発を目的として、北海道の急速な開拓を進めた。1869年には開拓使が設置され、和人の移住や屯田兵の配備が進められたが、これは先住民族であるアイヌの生活基盤を根底から覆すものであった。

政府は「無主の地」として北海道の土地を国有地に編入し、伝統的な狩猟やサケ漁、さらには伝統的な生活習慣であった仕掛け弓（アマッポ）の使用などを禁止した。これにより、自然と共生していたアイヌの人々は生計の手段を奪われ、著しい困窮状態に陥った。このような状況下で、キリスト教宣教師ジョン・バチェラーらによる救済活動や人道的批判が高まったことを背景に、政府は「保護」を名目とした法整備を迫られることとなった。

法の内容と同化の強制

1899年に制定された北海道旧土人保護法は、アイヌを「旧土人」と呼称し、以下のような措置を通じて彼らを農業従事者（日本農民）へと転換させることを目指した。まず、1戸あたり5万坪（約15ヘクタール）を限度として農業用の土地を無償下付したが、これには売却や担保化の制限があり、一定期間内に開墾できなければ没収されるという厳しい条件が付いていた。狩猟民族であったアイヌにとって、慣れない農業への強制的な転換は容易ではなかった。

また、教育面では和人とは区別された「旧土人学校」が設置され、日本語教育や皇民化教育が徹底された。さらに、アイヌ特有の文化や習慣、例えば女性の口の周りの刺青（シヌイェ）や耳輪（ニンカリ）の禁止、伝統的な家屋（チセ）の制限などが進められ、彼らの民族的なアイデンティティや文化は組織的に奪われていった。

法の長期継続と1997年の廃止

本法は戦後も存続し、1937年の改正などで一部の条項が形骸化したものの、基本構造は維持され続けた。昭和後期になると、アイヌの人々自身による組織的な権利回復運動が活発化し、国際社会における先住民族の権利保護の潮流も高まった。その結果、1997（平成9）年にようやく北海道旧土人保護法は廃止され、新たにアイヌの民族としての誇りを尊重し、文化の保存・振興を図るアイヌ文化振興法（アイヌ文化の振興並びにアイヌの伝統等に関する知識の普及及び啓発に関する法律）が制定された。

さらに、2019年にはアイヌを法律上初めて明確に「先住民族」と位置づけたアイヌ施策推進法が成立した。北海道旧土人保護法は、近代日本の国家形成期において、少数民族に対して行われた同化政策の負の側面を象徴する歴史的遺産として、現在も深く検証されている。