内閣制度の創設と国務大臣の誕生

明治維新後の日本は、太政官制と呼ばれる太政大臣・左大臣・右大臣・参議らによる合議制の政治体制を敷いていた。しかし、欧米列強に対抗しうる近代国家の建設と、将来の憲法制定・国会開設を見据え、1885（明治18）年12月に内閣制度が創設された。これにより太政官制は廃止され、初代内閣総理大臣に就任した伊藤博文のもとで、外務・内務・大蔵・陸軍・海軍・司法・文部・農商務・逓信の各省の長官が「大臣」として配置された。これが近代日本における国務大臣（当初は各省大臣）の始まりである。

大日本帝国憲法における「輔弼」と各個責任制

1889（明治22）年に発布された大日本帝国憲法の第55条第1項において、「国務大臣ハ天皇ヲ輔弼シ其ノ責ニ任ズ」と規定され、国務大臣は憲法上の地位を確立した。「輔弼（ほひつ）」とは、天皇の権能行使に対して進言・協賛し、その政治的責任を代わりに負うことを意味する。ここで重要なのは、大臣の責任は「国会（帝国議会）」に対してではなく、任命権者である「天皇」に対して直接負うものであった点である。

さらに、大日本帝国憲法下では「内閣」という組織そのものの権限が憲法に明記されておらず、国務大臣はそれぞれ個別に天皇を輔弼する各個責任制（単独責任制）がとられた。これにより、内閣総理大臣（首相）は国務大臣に対して罷免権を持たず、あくまで「同輩中の首席」にすぎなかった。この制度的弱点は、のちに特定の閣僚（特に陸軍大臣や海軍大臣）が辞任することで内閣を崩壊に追い込むなど、軍部の政治介入を許す構造的要因となった。

日本国憲法下における国務大臣への変容

第二次世界大戦後の1947（昭和22）年に施行された日本国憲法のもとで、国務大臣の性格は根本的に改められた。主権が国民に存することに伴い、国務大臣は天皇の輔弼者ではなく、主権者である国民の代表たる国会に対して責任を負う存在となった。また、内閣総理大臣に国務大臣の任意罷免権が与えられ、内閣は「連帯して国会に対し責任を負う」とする議院内閣制が確立されたことで、大日本帝国憲法期に見られた「内閣の一体性の欠如」という課題は克服されることとなった。