制度の確立と将軍権力の強化

室町幕府は、鎌倉幕府に比べて将軍の直接的な権力基盤が弱く、有力守護による連合政権的な性格を強く持っていた。そのため、守護が領国で独自に勢力を拡大し、幕府に対抗することを防ぐ必要があった。特に3代将軍足利義満の時代には、南北朝合一や有力守護の討伐（明徳の乱・応永の乱など）を経て将軍権力が確立されるとともに、守護を京都に常住させる「守護在京制」が義務化された。守護は京都に邸宅を構え、将軍への謁見や幕府の儀式・行事への参列、さらには「宿老」や「評定衆」として幕政に参与することを求められた。これにより、幕府は有力守護を中央の政治秩序に組み込み、将軍主導の専制的な支配体制を築くことに成功した。

領国支配への影響と守護代の台頭

守護在京制の確立により、守護が京都に常駐することになったため、領国の直接的な統治は事実上不可能となった。そこで守護は、自らの代わりに領国の政務や軍事を統括する代官として、一族や有力家臣の中から守護代を任命して現地に派遣した。守護代は現地に赴任して地元の武士（国人）を組織化し、実際の領国支配を代行した。この構造は、在京の守護が幕府の権威を背景にして領国を間接支配する守護領国制の基礎となった。しかし、室町時代後期になると、京都にいる守護よりも、現地で国人との結びつきを強めた守護代の方が実質的な支配力を高めるようになり、これがのちの応仁の乱以降に本格化する「下剋上」や、戦国大名への発展を促す要因の一つとなった。