佐渡金銀山の開発と大久保長安による基礎確立

慶長5年（1600年）の関ヶ原の戦いに勝利し、天下の覇権を握った徳川家康は、翌慶長6年に佐渡を幕府直轄領（天領）とした。これに伴い、甲斐の武田氏に仕え鉱山技術や民政に通じていた大久保長安を初代佐渡代官（のちに奉行）に抜擢し、佐渡金銀山の本格的な開発に着手させた。長安は石見銀山から優れた鉱山技術者を招き、最新の精錬技術である灰吹法を導入することで、相川金銀山をはじめとする鉱山の産出量を飛躍的に増大させた。この豊富な金銀は、幕府が創立期において独自の貨幣制度（三貨制度）を確立し、全国的な支配権を経済的に担保する上での極めて強力な財政的裏付けとなった。

島一国の統治と「遠国奉行」としての二重の役割

佐渡奉行は、長崎奉行や京都町奉行などと並ぶ幕府直轄の遠国奉行の一つであったが、他の遠国奉行とは異なる特異な性質を持っていた。多くの遠国奉行が特定の都市とその周辺のみを管轄したのに対し、佐渡奉行は佐渡国一国全体（全島）の民政、税収（年貢徴収）、司法を統括する「領国支配」の権限を実質的に有していた。奉行には主に1000石から2000石クラスの旗本から2名が任命され、1名が佐渡に在勤し、もう1名は江戸に在府して幕府との連絡調整を行う交代制（隔年勤務）で政務にあたった。佐渡奉行所（相川広間町に所在）の内部には、金銀の採掘や製錬、小判の鋳造を監督する技術的な専門官と、一般の領民を支配する行政官が共存しており、高度に組織化された官僚機構が機能していた。

水替人足の導入と幕末期の終焉

江戸時代中期以降、金銀の産出量が徐々に減少に向かうと、坑道が地深く達したことで湧水への対処が深刻な課題となった。この過酷な排水作業（水替）の労働力を確保するため、安永3年（1774年）以降、幕府は江戸や大坂などの都市部から検挙した無宿人（籍を失った浮浪者）を佐渡へと護送し、労働に従事させた。これが水替人足であり、過酷な労働環境のもとで多くの無宿人が犠牲となった歴史は、佐渡奉行の鉱山経営における負の側面を象徴している。幕末期に至ると、ロシア船の出没などによる北方警備の必要性から、佐渡奉行は沿岸防備という軍事的な役割も担うようになった。しかし、慶応4年（1868年）の戊辰戦争の最中に最後の奉行が逃亡し、佐渡奉行所は明治政府軍に接収され、その歴史に幕を閉じた。