天領化の背景と代官から「郡代」への昇格

飛騨国はもともと外様大名である金森氏が治める飛騨高山藩であったが、元禄5年（1692年）、幕府は金森氏を出羽国上山藩へと移封し、飛騨国を幕府直轄領（天領）とした。この突然の直轄地化の背景には、飛騨に眠る豊富な森林資源（飛騨木材）や、茂住（もずみ）銀山をはじめとする鉱山資源を、幕府が直接掌握して財政基盤を強化しようとする強い意図があった。

天領化の当初、幕府は「代官」を派遣して現地統治にあたらせていた。しかし、安永6年（1777年）、第12代代官であった大原紹徳（彦四郎）の代に、飛騨一国のほか越前・加賀・美濃などの分散する幕府領を広く管轄下に置き、支配石高が実質的に10万石を超えたことから、地方官の最高ランクである「郡代」へと昇格した。これにより、飛騨郡代は幕府の地方支配における最重要ポストの一つとなった。

森林・鉱山資源の掌握と「大原騒動」

飛騨郡代の最大の任務は、年貢の徴収にとどまらず、飛騨の特質である森林資源の管理と金銀などの鉱山経営であった。特に伐採された木材は、江戸や大坂などの大都市の復興や造営に不可欠な資材として江戸幕府の財政を支えた。一方で、それまで領民が共同で利用していた入会地（いりあいち）の山林を幕府が「御山（おやま）」として独占・規制したため、現地住民の生業は圧迫され、幕府への不満が蓄積していった。

18世紀後半、郡代の大原紹徳、およびその子である大原正純の二代にわたり、厳しい増税や検地、山林規制の強化が強行された。これに対し、飛騨一国の農民たちが蜂起し、数十年にわたって激しい抵抗を繰り広げた。これが日本歴史上でも屈指の百姓一揆として知られる「大原騒動（飛騨百姓一揆）」である。この騒動は、幕府の地方支配における過酷な資源搾取と、それに対抗する農民たちの強固な組織力を象徴する事件となった。

統治の拠点「高山陣屋」と明治維新

飛騨郡代が執務を行った役所であり、住居でもあったのが高山陣屋である。元々は金森氏の下屋敷であったが、天領化に伴い代官・郡代の役所として改築された。敷地内には、行政を行う御役所のほか、罪人の取り調べを行う吟味所、年貢米を蓄えるための巨大な御蔵（米蔵）などが立ち並び、地方統治の軍事・行政・財政の拠点として機能した。

慶応4年（1868年）、明治新政府軍の進駐によって最後の郡代が退去し、飛騨郡代はその歴史を終えた。しかし、高山陣屋の建物は明治以降も地方官庁の庁舎として使用され続けたため、奇跡的に解体を免れた。現在、江戸時代の郡代・代官役所の主要な建物がほぼ往時の姿のまま現存しているのは全国でこの高山陣屋のみであり、国の史跡として当時の幕府支配の実態を今に伝えている。