聖護院と本山派の形成

平安時代末期以降、皇室や貴族の間で熊野詣が盛んになると、京都の天台宗寺院である聖護院（しょうごいん）が熊野三山を差配するようになった。聖護院は各地の熊野先達（山伏）を傘下に収めることで組織化を進め、これが後の本山派の母体となった。本山派の山伏は、紀伊の熊野山や出羽三山（羽黒山など）を主な修業の霊場とし、天台宗の教理（本覚思想など）を取り入れた独自の修験道を理論化していった。

幕府の統制と修験道二分化

江戸幕府は宗教統制の一環として、1613年（慶長18年）に「修験道法度」を発布した。これにより、全国の孤立した修験者は、天台宗系の本山派（聖護院支配）か、真言宗系の当山派（醍醐寺三宝院支配）のどちらかに所属することが義務づけられた。この政策によって本山派は法的な公認を得て組織を強固なものとし、当山派と勢力を競いながら、各地で祈祷や檀那まわり（お札配り）を行い、近世の民間信仰をリードする存在となった。明治維新期の1872年（明治5年）に修験道廃止令が下されるまで、その組織体系は維持された。