朝廷儀式の復興と「大嘗祭」の再興

霊元天皇の治世において最も大きな歴史的業績は、中世の戦乱期以降に途絶えていた朝廷儀式の復興に尽力したことである。なかでも、天皇即位後に行われる一世一度の最重要祭祀である大嘗祭（だいじょうさい）は、応仁の乱以降、実に220年以上にわたって中絶したままとなっていた。霊元天皇はこれを憂い、儀式の再興を強く望んだ。

この動きを後押ししたのが、当時の5代将軍徳川綱吉である。綱吉は儒学や神道を重んじる文治政治を推進しており、朝廷の権威を尊重する姿勢を示していた。幕府からの多大な資金・物資の援助を得たことにより、1687年（貞享4年）、霊元天皇から東山天皇への譲位の際に大嘗祭が劇的な復活を遂げた。また、これに先立ち新嘗祭も復興されるなど、霊元天皇の情熱は江戸時代における宮中祭祀の骨格を再構築する契機となった。

幕府との緊張関係と長年にわたる「院政」

霊元天皇は、幕府による朝廷統制（禁中並公家諸法度など）に対して強い不満を抱き、朝権の回復を志向する意志の強い人物であった。そのため、京都所司代や武家伝奏を介した幕府との交渉においては、しばしば強硬な姿勢を示して対立や緊張関係を生じさせた。

1687年に東山天皇へ譲位して上皇となった後も、霊元上皇は東山・中御門の2代にわたり、約40年間にわたって院政を執り行った。院政期においても、摂関家に代わって自ら朝廷政治の主導権を握り、独自の政治力を発揮し続けた。こうした霊元天皇（上皇）の精力的な活動は、幕府権力が圧倒的であった江戸時代において、朝廷が単なる形式的な存在にとどまらず、独自の文化的・宗教的権威を維持・伸長させる上で決定的な役割を果たした。