幕府の禁教政策と「潜伏」の始まり

江戸幕府は当初、貿易の利益を優先してキリスト教を黙認していたが、キリスト教が封建支配の脅威になると判断し、1612年（慶長17年）の幕領に対する禁教令、続く1614年（慶長19年）の全国に対する禁教令によって本格的な弾圧に転じた。特に1637年（寛永14年）に発生した島原・天草一揆以降、幕府は禁教政策をさらに徹底させ、ポルトガル船の来航を禁止して「鎖国」体制を完成させた。

幕府は隠れたキリシタンを摘発するため、キリストや聖母マリアの像を踏ませる絵踏を制度化し、さらには全土の民衆を必ずいずれかの寺院の檀家とさせる寺請制度（宗門改）を確立した。これにより、日本国内のキリスト教徒は表向き仏教徒を装わなければ生きていくことができなくなり、地下へと潜って信仰を維持する「潜伏」を余儀なくされたのである。

独自の組織と信仰形態の形成

宣教師が国外追放や殉教によって完全に不在となる中、潜伏キリシタンたちはかつての信徒組織（コンフラリヤ）を起源とする秘密組織を形成し、信仰を守り抜いた。地域によって呼称は異なるが、指導者である「帳方（ちょうかた）」、洗礼を授ける「水方（みずかた）」などの役職が設けられ、教義や祈りの言葉であるオラショ（ラテン語やポルトガル語が変容した祈祷文）が口伝によって代々受け継がれた。

また、発覚を防ぐため、信仰の対象も巧みに偽装された。仏像の姿を借りて聖母マリアを拝むマリア観音や、納戸の奥に密かに祀られた「納戸神」などがその典型である。長きにわたる潜伏生活の中で、彼らの信仰は仏教や神道、あるいは土着の先祖崇拝などの民間信仰と複雑に習合し、ヨーロッパの正統なカトリックとは異なる日本独自の宗教空間が形成されていった。

幕末の「信徒発見」と激化する弾圧

1858年（安政5年）の日仏修好通商条約などにより日本が開国すると、外国人居留民のために教会が建設された。1865年（慶応元年）、長崎に建てられた大浦天主堂において、浦上村の潜伏キリシタン数名がフランス人神父プティジャンに自らの信仰を告白した。約250年もの間、宣教師なしで信仰が代々守られていたこの出来事は「信徒発見」と呼ばれ、世界の宗教史上において奇跡的な出来事として驚きをもって迎えられた。

しかし、江戸幕府および成立したばかりの明治新政府は、依然としてキリスト教を禁制としていた。そのため、信仰を明らかにしたキリシタンたちは過酷な拷問や全国各地への流罪に処された。これが1867年（慶応3年）から明治初期にかけて起きた浦上四番崩れなどの大規模な弾圧事件である。

禁教解禁と「潜伏」から「かくれ」への分化

明治政府の激しい弾圧に対して欧米諸国から強い非難が寄せられた結果、1873年（明治6年）、ついにキリシタン禁制の高札が撤去され、日本におけるキリスト教の信仰が事実上黙認されることとなった。これにより、長い「潜伏」の時代は終わりを告げた。

信仰の自由が認められた後、かつての潜伏キリシタンたちは二つの道に分かれた。半数以上の人々は宣教師の指導を受け入れて正統なカトリックに復帰したが、一部の人々はカトリック教会には戻らず、先祖から受け継いだ独自の習合信仰（オラショや納戸神など）をそのまま守り続けることを選んだ。歴史学や宗教学においては、禁教期に密かに信仰を続けた人々を「潜伏キリシタン」、禁教解禁後もカトリックに復帰せず独自の信仰を維持した人々を「かくれキリシタン」と呼んで区別している。

彼らが命懸けで守り抜いた信仰の歴史と、その過程で育まれた特異な文化的景観は国際的にも高く評価され、2018年（平成30年）には「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」としてユネスコの世界文化遺産に登録された。