南都仏教への失望と比叡山での隠遁

最澄は近江国（現在の滋賀県）に生まれ、若くして出家した。国分寺で学び、19歳で東大寺において正式な僧となるための具足戒（小乗戒）を受けた。しかし、当時の奈良の仏教（南都六宗）は国家と強く結びついて世俗化・権力化しており、また一部のエリート層による学問仏教と化していた。こうした現状に強い危機感を抱いた最澄は、受戒後わずか数ヶ月で奈良を離れ、故郷に近い比叡山に籠もって過酷な山林修行の道に入った。

彼は比叡山に一乗止観院（現在の根本中堂）を建立し、中国の天台大師智顗が確立した天台教学や『法華経』の研究に没頭する。最澄の真摯な求道姿勢は、やがて南都仏教の勢力削減と新たな国家仏教の構築を目指していた桓武天皇の耳に入り、その篤い庇護を受けることとなる。

遣唐使としての入唐と天台宗の開宗

804年（延暦23年）、最澄は桓武天皇の命により、還学生（短期留学生）として遣唐使船に乗り唐へ渡った。この時の遣唐使には、のちに真言宗を開く空海も請益生（長期留学生）として同行している。唐において最澄は、天台宗の総本山である天台山に登って天台教学を深く学んだほか、密教、禅、大乗菩薩戒なども相次いで伝授された。このように天台・密教・禅・戒の四つを融合させる思想（四宗相承）は、のちの日本天台宗の大きな特徴となる。

翌年帰国した最澄は、桓武天皇の病気平癒のために宮中で日本初となる密教の修法を行い、天皇から絶大な信頼を得た。806年には朝廷から年分度者（国家公認の出家枠）2名が与えられ、ここに日本における天台宗が正式に開宗されたのである。

徳一との論争と大乗戒壇の設立要求

天台宗の根本教典である『法華経』は、「あらゆる生きとし生けるものには仏となる素質（仏性）があり、皆が等しく救済される」という一乗思想を説いている。これに対し、法相宗を代表する南都の学僧・徳一は、「人には生まれながらにして能力の差があり、成仏できない者もいる」とする三乗思想を主張した。両者は激しい教理論争を展開し、これは三一権実諍論（さんいちごんじつじょうろん）と呼ばれ、日本仏教史上最も有名な論争の一つとなった。

さらに最澄は、仏教制度の根本的な改革に乗り出す。当時、正式な僧侶になるには東大寺などの戒壇で小乗戒（250もの細かな戒律）を受ける必要があったが、最澄は「大乗仏教の僧侶には、利他を重んじる大乗戒（菩薩戒）のみを授けるべきだ」と主張し、比叡山に独自の大乗戒壇を設立することを朝廷に奏上した。彼は『山家学生式』や『顕戒論』を著し、国宝的人材（一隅を照らす者）を育成する独自の教育構想を提示したが、これは南都仏教からの激しい反発を招いた。

空海との決別と後世の日本仏教への影響

一方で、最澄は帰国直後に唐で本格的な密教を修めて帰国した空海に対し、自らのほうが年長で地位も高かったにもかかわらず、謙虚に教えを乞うた。当初は良好な関係を築いていた二人だが、経典の貸借をめぐる考え方の違いや、最澄の愛弟子である泰範が空海のもとに走ったことなどから溝が深まり、最終的に決別することとなった。その後、最澄は自らの教団の確立と戒壇設立に心血を注いだ。

最澄の念願であった大乗戒壇の設立は、彼の生前には叶わず、822年の入滅からわずか7日後に勅許が下りた。これにより、比叡山延暦寺は南都仏教の統制から完全に独立した僧侶養成機関として機能するようになった。最澄の死後、弟子である円仁や円珍によって比叡山の密教化（台密）が進められるとともに、厳しい修行と大乗戒による教育システムが完成した。

その結果、比叡山は平安時代を通じて日本仏教の中心地として隆盛を極めた。のちに鎌倉時代に入ると、法然（浄土宗）、親鸞（浄土真宗）、栄西（臨済宗）、道元（曹洞宗）、日蓮（日蓮宗）といった新仏教の開祖たちが皆、若き日に比叡山で学んでいる。最澄が蒔いた大乗仏教の種は、日本仏教の多様で豊かな展開を決定づけることとなり、比叡山が「日本仏教の母山」と称される所以となっている。