台湾領有と総督府の設置

1895（明治28）年、日清戦争の講和条約である下関条約（馬関条約）により、日本は清から台湾および澎湖諸島を獲得した。日本にとって初の本格的な海外植民地となった台湾を統治するため、同年、台北に開設されたのが台湾総督府である。

初代台湾総督には海軍大将の樺山資紀が就任した。しかし、日本の領有に対して現地の漢人層を中心に激しい抵抗運動が起こり、独立国家「台湾民主国」の宣言や各地での抗日ゲリラ戦が展開された。そのため、初期の台湾総督は陸海軍大将・中将から任命される武官専任とされ、反乱の鎮圧を最優先とする厳しい軍政（武断政治）が敷かれた。

六三法と強大な権限

植民地である台湾は、日本の帝国議会の管轄外とされた。そのため、1896年に制定された「台湾ニ施行スヘキ法令ニ関スル法律」、通称六三法によって、台湾総督には法律と同等の効力を持つ命令（律令）を発布する委任立法権が与えられた。

これにより、台湾総督は天皇に直隷して陸海軍の統率権（軍事権）を握るだけでなく、強大な行政権・司法権、さらには立法権までも一身に集めることとなった。この三権分立を無視した絶対的な権力構造は、帝国議会でも違憲論争を引き起こしたが、基本的には日本統治時代を通じて維持され続けた。

児玉・後藤時代における統治体制の確立

台湾統治が軌道に乗ったのは、1898年に第4代総督として就任した児玉源太郎と、彼を補佐した民政長官の後藤新平の時代である。後藤は「生物学の原則」に基づく統治を掲げ、現地の旧慣や風俗を尊重しつつ、漸進的な近代化を図った。

この時期、総督府は徹底した土地調査事業や人口調査（国勢調査）、度量衡の統一を実施して財政基盤を確立した。また、アヘン吸飲を免許制にして段階的に減らすアヘン漸禁政策をとりつつ、専売制を導入して総督府の重要な財源とした。さらに、鉄道網の敷設、築港、道路整備、上下水道の完備などのインフラ整備を強力に推し進めるとともに、新渡戸稲造らを招聘して製糖業を育成し、台湾の資本主義化と植民地経済の基礎を築き上げた。

文官総督の登場と「内地延長主義」

第一次世界大戦後、世界的な民族自決の潮流や日本国内の大正デモクラシーの影響を受け、1919年に台湾総督の武官専任制が廃止された。これにより、初めての文官総督として田健治郎が就任した。

田健治郎以降の文官総督時代には、台湾を日本の延長とみなして日本の制度や文化を適用していく内地延長主義（同化政策）が採用された。これにより、台湾人に対する教育制度の拡充や、地方自治の一部導入などが図られた。一方で、台湾の知識人層（林献堂など）を中心に、台湾議会設置請願運動をはじめとする台湾人の政治的権利の拡大を求める運動も活発化したが、総督府はこれを徹底して弾圧・牽制した。

皇民化運動の推進と総督府の終焉

1936年、日中戦争の足音が近づく中で再び武官総督（小林躋造）が就任し、文官総督の時代は終わりを告げた。南進政策の拠点として台湾の軍事基地化が進められるとともに、台湾人を精神的にも「日本人」に改造し、戦争に動員するための皇民化運動が強要された。

この時期の総督府は、日本語の常用、神社参拝の強制、創氏改名（日本式氏名への変更）などを推し進め、大戦末期には台湾人に対する徴兵制も施行した。しかし、1945年の日本の敗戦により、ポツダム宣言を受諾した日本は台湾の領有権を放棄した。同年10月、中華民国国民政府による台湾接収が行われ、台湾総督府は半世紀の歴史の幕を閉じた。なお、台北の中心部に建設された壮麗な総督府の庁舎は、現在も中華民国の「総統府」として利用されている。