後醍醐天皇の側近「後の三房」としての台頭

北畠親房は、村上源氏の中院家庶流である名門・北畠家に生まれた。和漢の学問に秀でており、若くして後醍醐天皇の厚い信任を得ると、吉田定房・万里小路宣房とともに天皇の側近である「後の三房」の一人として重用された。後醍醐天皇が討幕計画（正中の変・元弘の乱）を進めるなか、親房は一時は出家して政界から身を引く姿勢を見せたものの、天皇に対する強い忠誠心が生涯揺らぐことはなかった。

奥州将軍府の設立と建武政権下での東国経営

鎌倉幕府滅亡後の1333年（元弘3年）、後醍醐天皇による建武の新政が開始されると、親房は再び表舞台に復帰する。親房は、後醍醐天皇の皇子である義良親王（のちの後村上天皇）を奉じ、長男の北畠顕家とともに陸奥国（多賀城）へ下向した。これは「奥州将軍府」と呼ばれ、鎌倉将軍府（成良親王・足利直義）に対抗し、関東・奥羽地方の武士を朝廷の統制下に置くための極めて重要な戦略的拠点であった。親房は奥州において国司と守護の権限を併せ持つ独自の行政機関を整備し、東国の安定化に尽力した。

南北朝の動乱と常陸国における抗戦

1335年（建武2年）に足利尊氏が建武政権から離反すると、親房・顕家父子は奥州の軍勢を率いて上洛し、一度は尊氏を九州へと追いやる武功を挙げた。しかし、湊川の戦いを経て尊氏が京都を制圧し、1336年に北朝を樹立すると、後醍醐天皇は吉野へ逃れて南朝を開く（南北朝時代の始まり）。1338年（延元3年/暦応元年）に長男の顕家が和泉国石津の戦いで戦死するという悲運に見舞われるが、親房は屈することなく、南朝勢力の挽回を図るべく伊勢国を経由して関東へ渡った。親房は常陸国の小田城や関城を拠点とし、東国武士の糾合に奔走しながら室町幕府軍と激しい攻防を繰り広げた。

『神皇正統記』の執筆と南朝正統論

常陸国での籠城戦という困難な状況下で、親房が小田城にて執筆したのが歴史書『神皇正統記』である。「大日本者神国也（大日本は神国なり）」という有名な書き出しで始まる同書は、神代から後村上天皇の時代に至るまでの歴史を記述し、三種の神器を保有する南朝こそが正統な天皇家であることを論理的に主張したものである。

これは単なる歴史書にとどまらず、劣勢に立たされていた東国の南朝方武将たちを思想的に鼓舞し、彼らを自陣営に引き留めるための強烈な政治的プロパガンダとしての性質を持っていた。儒教の大義名分論や仏教思想、伊勢神道などを融合させたその歴史観は、のちの江戸時代の尊王論や水戸学にも多大な影響を与えた。また同時期に、朝廷の官職の歴史や制度をまとめた有職故実書『職原抄』も著している。

南朝の実質的指導者としての晩年

東国での抗戦が限界に達した1343年（興国4年/康永2年）、親房は吉野へ帰還した。すでに後醍醐天皇は崩御しており、親房は後を継いだ若き後村上天皇を補佐し、南朝の軍事・政治の全権を握る実質的な指導者として君臨した。幕府内部で足利尊氏と足利直義が対立した観応の擾乱の際には、この内紛を巧みに利用し、一時的に京都を奪還して北朝の天皇の神器を接収する「正平の一統」を成功させるなど、老練な外交・戦略手腕を発揮した。1354年（正平9年/文和3年）に賀名生（あのう）で没するまで、親房は南朝の巨大な柱石としてその屋台骨を支え続けた。