水戸光圀の依頼と契沖による執筆

江戸時代前期、水戸藩主の徳川光圀は『大日本史』の編纂事業を興すなど、日本の歴史や古典の研究を熱心に推進していた。光圀は、当時としては難解を極めていた『万葉集』の正確な解釈を求め、家臣の今井似閑を通じて、古典研究で頭角を現していた真言宗の僧侶・契沖に注釈書の執筆を依頼した。契沖は大坂や播磨、高野山などで独自の古典研究を進めていた人物であり、この委嘱を受けて1687年（貞享4年）に最初の草稿（初稿本）を完成させ、さらに推敲を重ねて1690年（元禄3年）に「精撰本」を完成させた。これが『万葉代匠記』である。

秘伝の否定と客観的な実証主義の確立

『万葉代匠記』が日本思想史・学術史上において極めて重要視されるのは、その研究態度が極めて科学的かつ客観的であった点にある。中世以来の和歌や古典の解釈は、「古今伝授」に代表されるような家元の秘伝や主観的な憶測に基づくものが主流であった。これに対して契沖は、古典を正しく理解するためには当時の記述に直接あたり、客観的な証拠を集めるべきだという実証主義を徹底した。彼は『万葉集』だけでなく、『古事記』『日本書紀』『風土記』などの同時代の文献を広く博捜・比較し、言葉の本来の意味や古代の制度、風俗を論理的に解明していった。この文献学的アプローチは、それまでの非科学的な解釈を一掃することとなった。

歴史的仮名遣いの提唱と国学への展開

契沖が『万葉代匠記』の執筆過程で、古代の仮名遣い（万葉仮名）に厳密な法則性があることを見出したことは、日本語学の発展に決定的な影響を与えた。この言語学的発見は、のちの『和字正仮名遣』（1695年）へと結実し、明治以降の近代に至るまで用いられた歴史的仮名遣いの基礎となった。契沖の徹底した考証主義は、のちに賀茂真淵を経て本居宣長へと受け継がれ、儒教や仏教の先入観を取り除いて日本の古典を追究する「国学」の学問的基礎を築いた。本居宣長は契沖を「国学の祖」として仰ぎ、その学問的態度を絶賛している。