生い立ちと入唐求法

円珍は弘仁5年（814年）、讃岐国（現在の香川県）に生まれた。一説には弘法大師（空海）の縁者（姪の子）とも伝わる。幼少期より聡明で、15歳で比叡山に登り、最澄の高弟であった初代天台座主の義真に師事した。厳しい修行を経て天台教学を修めた円珍は、天台宗における密教（台密）をさらに深めるため、仁寿3年（853年）に唐へ渡った。

すでに円仁（慈覚大師）が長安などで密教を学んで帰国していたが、円珍も天台山や長安を巡り、多くの高僧から密教の奥義や悉曇（サンスクリット語）を学んだ。また、彼が入唐および唐国内を移動する際に現地の役所から発行された通行許可証である「過所（公験）」は、当時の東アジアの交通や行政制度を知る上で極めて貴重な史料として現在も国宝（円珍関係文書）に指定されている。

帰国と園城寺（三井寺）の再興

天安2年（858年）に膨大な経典や法具を携えて帰国した円珍は、比叡山において密教の普及に尽力した。その過程で彼が教団の新たな拠点として整備したのが、近江国の園城寺（三井寺）である。円珍は朝廷からこの寺を賜り、唐で学んだ密教の修法を行う伝法灌頂（でんぽうかんじょう）の道場として再興した。

貞観10年（868年）には、円仁の跡を継ぐ形で第5代の天台座主に就任した。以後、20年以上にわたって比叡山を統括し、天台宗の教団組織の拡充や密教化（台密の完成）に多大な貢献を果たした。彼が座主であった期間、天台宗は朝廷や貴族から厚い庇護を受け、真言宗（東密）と並び立つ日本仏教の二大勢力として確固たる地位を築いた。

天台宗の分裂と「寺門派」の形成

円珍の歴史的意義は、彼自身の業績にとどまらず、死後に起きた天台宗の分裂と深く関わっている。円珍の没後、延長5年（927年）に醍醐天皇から「智証大師」の諡号が贈られた。しかし、比叡山内では次第に円珍の門流と、先代座主である円仁の門流との間で、座主のポストや寺領を巡る派閥対立が激化していった。

正暦4年（993年）、両派の武力衝突を契機に、円珍派の僧侶たちは比叡山を下りて園城寺に結集した。これにより、園城寺を拠点とする円珍派は「寺門派」、比叡山延暦寺に残った円仁派は「山門派」と呼ばれるようになった。この「山門寺門の争い」は、互いに僧兵（強訴を行う武装した僧侶）を擁した激しい武力抗争として中世を通じて幾度も繰り返され、日本の政治史や宗教史に大きな影響を及ぼすこととなる。

仏教美術への貢献と信仰

円珍の活動は、日本の仏教美術にも顕著な足跡を残している。とくに有名なのが、円珍が修行中に感得（神仏の姿を幻視すること）したとされる「黄不動（金色不動明王画像）」である。園城寺に秘仏として伝わるこの画像は、平安時代前期の密教絵画の最高傑作とされ、国宝に指定されている。

また、園城寺には「智証大師坐像（中尊大師・御骨大師）」など、円珍の姿を写した優れた彫刻も残されており、彼が門弟たちからいかに深く尊崇されていたかを今日に伝えている。さらに、彼が唐から帰国する途上で現れて彼を守護したとされる新羅明神への信仰など、円珍にまつわる独自の宗教文化は寺門派の精神的支柱として受け継がれた。