公家からの出家と儒学への傾倒

藤原惺窩は、藤原定家の系譜に連なる和歌の家・下冷泉家の出身である。しかし、戦国時代の動乱の中で家が没落し、若くして京都の相国寺に入って禅僧となり、承兌（じょうたい）と名乗った。当時の禅僧にとって、儒学（とくに宋代に大成された朱子学）を学ぶことは教養の一部として定着しており、五山文学の伝統のなかで惺窩も儒学に触れることとなった。

しかし惺窩は、次第に彼岸への救済を説く仏教よりも、現世の人間倫理や政治のあり方を説く儒学の実践的な教えに深く惹かれていくようになった。彼は禅宗の枠内にとどまる儒学のあり方に疑問を抱き、純粋な学問としての儒学を志向し始めたのである。

朝鮮の儒学者・姜沆との出会いと還俗

惺窩の思想的転回を決定づけたのが、豊臣秀吉が起こした文禄・慶長の役において日本に連行されてきた朝鮮の朱子学者・姜沆（きょうこう）との出会いであった。当時の朝鮮は朱子学を国家の正学としており、姜沆との交流を通じて、惺窩は本場の純粋で体系的な朱子学の知識を吸収した。

惺窩は姜沆の協力を得て、儒教の基本経典である『四書』や『五経』に日本の訓読をつける作業を行い、近世儒学の基礎となるテキストを整備した。そして、ついに僧衣を脱いで還俗し、「藤原惺窩」と名乗った。中世において儒学は長らく仏教（禅宗）の付随物として扱われてきたが、惺窩の還俗は、日本において儒学が仏教から独立したことを象徴する歴史的な出来事であった。

徳川家康への講義と近世儒学の発展

惺窩の名声は広く知れ渡り、江戸幕府を開いた徳川家康からも京都伏見に招かれた。惺窩は家康に対し、帝王学の書である『貞観政要』や『大学』などの講義を行った。家康は惺窩の学識を高く評価し、幕府の儒臣として仕官することを強く勧めたが、惺窩自身は自由な学究生活を望んでこれを固辞した。

その代わりとして、惺窩は自身の高弟である林羅山を家康に推挙した。羅山は後に幕府の御用学者となり、徳川政権の制度的・思想的な基礎を構築することになる。また、羅山のほかにも松永尺五や那波活所といった優秀な弟子（惺門四天王）を輩出し、彼らは各地で儒学の普及に努めた。

藤原惺窩自身は生涯を通じて特定の権力に仕えることはなかったが、彼が切り拓いた「仏教からの儒学の独立」という路線は、幕藩体制下における思想の主流として大きく開花することとなった。そのため、彼は日本思想史において近世儒学の祖として極めて重要な位置を占めている。