開創の歴史的背景と越前下向

鎌倉時代前期、宋に渡って曹洞宗の教えを学んだ道元は、1227年（安貞元年）に帰国後、京都の深草に興聖寺を建立して布教と弟子の育成に努めた。しかし、鎌倉時代の新仏教の多くがそうであったように、道元もまた比叡山延暦寺をはじめとする旧仏教勢力からの激しい弾圧に晒されることとなった。旧仏教側の圧力が高まる中、道元は俗世の権力や名利から離れ、純粋に仏道修行に専念できる環境を求めた。

1243年（寛元元年）、道元は有力な信者であった越前国の地頭・波多野義重の招きに応じ、京都を離れて越前国志比庄（現在の福井県永平寺町）へと下向した。翌1244年、波多野氏の寄進によって深山幽谷の地に傘松峰大仏寺（さんしょうほうだいぶつじ）を建立し、1246年（寛元4年）にこれを吉祥山永平寺と改称した。これが曹洞宗の根本道場としての永平寺の開創である。

「只管打坐」の実践と権力との距離

永平寺の歴史的意義は、道元が主唱した只管打坐（しかんたざ・ひたすら座禅をすること）の教えを体現する、厳格な修行空間として成立した点にある。同時代に日本に伝えられたもう一つの禅宗である臨済宗が、栄西以降、鎌倉幕府や朝廷の保護を受けて都市部に巨大な寺院（五山十刹）を構え、政治権力と深く結びついていったのとは対照的である。

道元は権力との接近を極端に嫌い、「国王大臣に近づかざれ」と戒めた。時の執権・北条時頼から鎌倉に招かれ、寺院の寄進を申し出られた際もこれを固辞して永平寺に戻っている。永平寺は、世俗の権威や華美な装飾を排し、日常のすべての立ち振る舞い（作務）をも仏道修行とみなす道元の峻烈な思想を実践するための、純粋な修行道場としての性格を確立した。

教団の展開と両大本山体制

1253年（建長5年）の道元入滅後、永平寺は第二代・孤雲懐奘（こうんえじょう）によって護持されたが、第三代・徹通義介（てっつうぎかい）の時代になると、保守派と革新派の間で内部対立（三代相論）が勃発した。この対立を経て、徹通義介の弟子である瑩山紹瑾（けいざんじょうきん）が加賀・能登方面で布教を行い、のちに能登国に總持寺（そうじじ）を開創した。

瑩山派が土着の信仰や祈祷儀礼を柔軟に取り入れて地方武士や民衆の間に曹洞宗を爆発的に広めていったのに対し、永平寺は道元の純粋な教えを厳格に守り抜く象徴的な根本道場としての権威を保ち続けた。近世以降、曹洞宗は道元を開祖（高祖）、瑩山を教団発展の祖（太祖）と仰ぐようになり、現在に至るまで永平寺は總持寺とともに曹洞宗の両大本山として、日本仏教史および精神史において重要な位置を占めている。