鎌倉期における台頭と南朝への臣従

菊池氏は、平安時代中期に大宰府の官人であった藤原隆家（中関白家）の後裔、あるいは地元の有力豪族の流れを汲むとされる一族である。元寇（文永・弘安の役）の際には、当主の菊池武房が赤坂の戦いなどで先陣を切って蒙古軍と戦い、その武名を馳せた。鎌倉時代末期、後醍醐天皇による討幕運動が始まると、菊池武時はいち早くこれに呼応して鎮西探題を襲撃したが、討ち死にした。この武時の忠義が、その後の菊池氏と南朝（吉野朝廷）との強固な絆を形成する契機となった。

懐良親王の擁立と九州での全盛期

南北朝時代に入ると、武時の子である菊池武光は、後醍醐天皇の皇子で征西大将軍として九州に下向した懐良親王（征西将軍宮）を自領に迎え入れた。武光は親王を擁して大宰府の奪還を目指し、北朝方の足利一門や少弐氏、大友氏と激しい抗争を繰り広げた。1359年、九州最大の衝突となった筑後川の戦い（大保原の戦い）において、菊池武光率いる南朝軍は北朝軍を撃破し、ついに大宰府に征西府を置くことに成功した。これにより、九州地方における南朝方の全盛期が築かれたが、のちに幕府が派遣した九州探題・今川貞世（了俊）の優れた戦略によって勢力を徐々に削がれ、衰退へと向かうこととなった。