設置の背景と「征西府」との激闘

建武の新政崩壊後、足利尊氏が室町幕府を開いて北朝を擁立したのに対し、吉野へと逃れた後醍醐天皇は各地に皇子を派遣して南朝勢力の拡大を図った。その一環として九州に下向したのが懐良親王（かねよししんのう）である。親王は肥後の菊池武光らに擁立されて「征西府（征西将軍府）」を形成し、九州において一大勢力を築き上げた。

これに対抗するため、足利尊氏は1336年（建武3年）に一色範氏を九州へ派遣した。当初この職は「鎮西管領（ちんぜいかんれい）」などと呼ばれていたが、後に九州探題という呼称が定着した。しかし、初期の幕府方は少弐氏や大友氏といった現地の有力国人・守護の離反や対立に苦しみ、1361年（正平16年/康安元年）には征西府によって大宰府を占領されるなど、圧倒的に不利な状況に立たされていた。

今川了俊の派遣と九州平定

幕府側の劣勢を挽回するため、3代将軍・足利義満の時代の1370年（建徳元年/応安3年）、優れた武将であり文化人でもあった今川貞世（了俊）が九州探題に任命された。了俊は周防の大内義弘らの協力を得て九州へ本格的に介入し、巧みな軍略と外交交渉を駆使して南朝方を次々と撃破した。

1372年（文中元年/応安5年）に大宰府を奪還した了俊は、その後も粘り強く懐良親王や菊池氏を追い詰め、1392年（元中9年/明徳3年）の南北朝合一の頃には、事実上九州全土を幕府の支配下に置くことに成功した。了俊は単に武力で制圧しただけでなく、九州の国人たちを直接幕府（探題）の被官として組織化し、独自の強力な権力基盤を築き上げた点に大きな歴史的意義がある。

東アジア外交と倭寇対策における役割

九州探題は、単なる国内の地方統治機関にとどまらず、東アジアにおける外交の窓口としての重要な役割も担っていた。当時、朝鮮半島沿岸から中国大陸にかけて、前期倭寇と呼ばれる海賊集団が猛威を振るっていた。高麗や、新たに建国された朝鮮王朝、さらには明朝は、倭寇の禁圧を日本側に強く求めていた。

今川了俊は、幕府の代表として高麗からの使者を迎え入れ、独自に倭寇の取り締まりや捕虜の送還を行った。これにより東アジア海域の安定化に大いに寄与したが、同時に了俊が幕府を介さずに独自の外交権を行使しているかのように見えたことは、のちに中央の警戒を招く一因ともなった。

探題の形骸化と戦国時代への移行

九州を完全に掌握し、独自の強大な権力を持つに至った今川了俊に対し、将軍・足利義満は次第に警戒感を強めた。1395年（応永2年）、義満は了俊の専横を理由に彼を突如として罷免した。この了俊の失脚により、九州における幕府の絶対的な権威は失われることとなった。

了俊の後任には足利氏の一門である渋川満頼が任じられ、以降は渋川氏が九州探題を世襲した。しかし、渋川氏には独自の軍事基盤が乏しく、大内氏・大友氏・少弐氏・島津氏といった強大な守護大名に依存せざるを得なかった。室町時代後期から戦国時代にかけて、九州の覇権はこれら有力大名による実力行使によって争われるようになり、九州探題は実権のない名目的な存在へと完全に形骸化していったのである。