藩政改革とジェーンズの招聘

幕末から明治維新にかけて、各藩は優秀な人材を育成し近代化を進めるため、洋学教育機関を相次いで設立した。熊本藩でも、横井小楠の思想を受け継ぐ実政派（実学党）が主導権を握ると、実学の推奨と富国強兵を目指し、1871（明治4）年に熊本洋学校を創設した。

学校の指導者として招聘されたのが、アメリカの元陸軍大尉リロイ・ランシング・ジェーンズであった。ジェーンズは、英語のみを用いた徹底的な語学教育を行うとともに、数学、物理、化学、地理、歴史などの西欧の近代科学を体系的に教授し、生徒たちに強い知的刺激を与えた。

キリスト教への傾倒と「熊本バンド」の結成

ジェーンズは単なる科学教育にとどまらず、聖書に基づいた道徳教育や全人教育を実践した。これに感化された青年学生たちは、次第にキリスト教の教えに深く傾倒していくこととなる。

1876（明治9）年1月、生徒であった徳富蘇峰、小崎弘道、海老名弾正、金森通倫、宮川経輝ら35名は、熊本市郊外の山に集まり、キリスト教を奉じて日本を啓蒙・更生させることを誓い合う盟約を結んだ。これが歴史的に知られる花岡山（はなおかやま）の誓言であり、彼らの一群は「熊本バンド」と呼ばれるようになった。これは、札幌バンド（クラーク博士の門下生ら）、横浜バンドと並ぶ、日本プロテスタントの三大源流の一つとなった。

反対運動による閉校と同志社への合流

しかし、キリスト教への傾倒は、伝統的な儒教精神や神道を重んじる保守派の藩士や、生徒の親たちから「邪教」として激しい反発と弾圧を受けることになった。このキリスト教排斥運動（排耶騒動）の激化により、学校の存続は不可能となり、熊本洋学校は1876年にわずか5年で閉校に追い込まれた。

居場所を失った熊本バンドの青年たちは、新島襄が京都に設立したばかりの同志社英学校（のちの同志社大学）へと転校した。彼らの合流は、黎明期の同志社に強固な学術的・宗教的基礎をもたらし、のちの日本におけるキリスト教界や、教育、言論、社会運動の分野において多くの不朽の指導者を輩出する契機となった。