論争の背景：内村鑑三不敬事件

1890（明治23）年に発布された教育勅語は、天皇制国家における臣民道徳の絶対的基準として位置づけられた。その翌年の1891年1月、第一高等中学校の嘱託教員であったキリスト教徒の内村鑑三が、式典において教育勅語に対する奉読拝礼（最敬礼）を躊躇した。これが天皇に対する「不敬」であるとして激しい社会的非難を浴び、内村は辞職に追い込まれた（内村鑑三不敬事件）。この事件を契機に、国家への忠誠と個人の信仰の自由をめぐる対立が表面化することとなった。

井上哲次郎による批判と本書の刊行

内村の不敬事件から2年後の1893（明治26）年、東京帝国大学教授であった哲学者の井上哲次郎は、文部省の依頼や世論の動向を背景に『教育ト宗教ノ衝突』を公刊した。井上は同書において、教育勅語が提示する「忠君愛国」や「孝道」といった日本の伝統的道徳（国家主義・家族主義）に対し、キリスト教は国境を越えた「博愛」や「神への絶対服従」を説くため、日本の国体と根本的に相容れない（衝突する）と主張した。国家の統一と発展を最優先する立場から、キリスト教を排撃する論陣を張ったのである。

思想界の反応と歴史的意義

本書の刊行は、キリスト教界のみならず思想界全体を巻き込む大論争へと発展した。キリスト教側からは植村正久や高橋五郎、本多庸一らが反論し、キリスト教の信仰と愛国心は決して矛盾しないこと、むしろ近代国家の形成において有益であることを主張した。一方で、仏教界や保守派の知識人は井上の説を支持し、キリスト教排撃に加わった。この論争は、日清戦争前夜におけるナショナリズムの高揚と結びつき、結果として教育勅語の絶対視と国家主義の強化を決定づけることとなった。また、これ以降、日本のキリスト教界は国家との妥協を余余儀なくされ、国家体制への順応を強めていくことになった。