三院制の導入と設立の背景

1871年（明治4年）7月、明治政府は廃藩置県を断行し、幕藩体制を完全に解体して中央集権国家への歩みを本格化させた。この強力な権力集中を制度的にも裏付けるため、翌8月に太政官の官制改革が実施された。これにより、太政官は正院（せいいん）・左院（さいん）・右院（ういん）の三院から構成されることとなり、これを三院制と呼ぶ。正院は天皇が親臨する国政の最高機関として位置づけられ、立法諮問機関である左院、各省の長官（卿など）からなる連絡調整機関である右院の上に君臨した。

正院の構成と絶大な権限

正院は、太政大臣、左大臣、右大臣と、実質的な政策立案を担う参議によって構成された。大臣は天皇を直接補佐する名誉的・権威的な役割合いが強かったのに対し、参議には薩摩・長州・土佐・肥前出身の有力者が登用され、彼らが合議によって実際の国政を動かした。三院制においては、すべての法律や重要な行政処分は正院の決裁を必要とし、各省庁（大蔵省や外務省など）に対する強力な統制権を有していた。これにより、維新直後の不安定な政局において、迅速かつ強力に政策を実行する体制が整えられたのである。

留守政府における機能と明治6年の政変

正院が設立された直後の1871年末、岩倉具視や大久保利通ら政府首脳の多くが岩倉使節団として欧米へ出発した。留守を預かった西郷隆盛、板垣退助、大隈重信らによる「留守政府」は、正院の権限を行使して学制の発布、徴兵令の制定、地租改正の着手など、急進的な近代化政策を次々と打ち出した。しかし、外交問題である征韓論を巡って、留守政府の参議と帰国した使節団組が正院内で激しく対立した。結果として1873年（明治6年）の政変が起こり、西郷や板垣らが下野したことで、正院のメンバーは大きく入れ替わった。

正院の終焉と内閣制度への道

明治6年の政変後、実権を握った大久保利通は内務省を新設し、自ら内務卿に就任するとともに参議を兼任した。これにより、正院の参議が各省の卿を兼任する体制が定着し、大久保による事実上の独裁体制（有司専制）が確立した。その後、自由民権運動の高まりを受けて、1875年（明治8年）に立憲政体の詔書が発せられると、左院・右院は廃止され、代わりに立法機関としての元老院と最高司法機関としての大審院が設置された。これにより三院制は事実上崩壊したが、正院自体は太政官の中枢としてしばらく存続した。しかし、1877年（明治10年）の官制改革によって「正院」という呼称も廃止され、単に「太政官」と呼ばれるようになった。この太政官制も、1885年（明治18年）の内閣制度創設によって最終的な終焉を迎えることとなる。