源流と室町幕府創業期における台頭

土岐氏は、清和源氏の一家系である美濃源氏の土岐光衡を祖とする一族である。鎌倉時代から美濃国を地盤として勢力を伸ばし、南北朝の動乱期には、一族の長である土岐頼貞・土岐頼康らが足利尊氏の挙兵に最初期から従い、幕府の創設に多大な貢献を果たした。

特に土岐頼康は、観応の擾乱などの軍事的危機において卓越した武功を挙げ、美濃国だけでなく尾張国・伊勢国の守護を兼ねるに至った。これは「三ヶ国守護」と呼ばれ、土岐氏は幕府の宿老として、管領の細川氏や斯波氏に匹敵する強大な権力を握るようになった。さらに土岐氏は「桔梗一揆」と呼ばれる一族・惣領を中心とした強力な武士団組織を形成し、軍事的な結束力を誇っていた。

足利義満の守護抑制政策と「土岐康行の乱」

3代将軍足利義満は、将軍権力の絶対化を目指し、幕府を脅かす恐れのある有力守護大名の分裂・弱体化を図った。その最初の標的となったのが土岐氏である。1387年に土岐頼康が没し、後継となった甥の土岐康行が美濃・尾張・伊勢の守護職を継承すると、義満は康行の従兄弟である土岐詮直との対立を煽り、内紛を誘発させた。

1390年、義満は康行が謀反を企てているとして討伐軍を派遣し、これを没落させた（土岐康行の乱）。この結果、康行は美濃守護を剥奪され、土岐氏は尾張や伊勢の守護職を失って美濃一国の守護へと衰退させられた。この事件は、のちに義満が引き起こす明徳の乱（山名氏討伐）や応永の乱（大内氏討伐）へと続く、有力守護大名解体策の先鞭をつける重要な画期であった。

戦国時代への展開と守護代・斎藤氏による下剋上

康行の乱ののち、土岐氏は一族の土岐頼益が美濃守護に据えられ、再び幕府の有力大名として一定の地位を回復した。応仁の乱においては、西軍の副将格として足利義視を擁護するなど、依然として中央政界での発言力を維持していた。

しかし、応仁の乱以後は家督を巡る深刻な内紛（船田合戦など）が勃発し、土岐氏の惣領権は著しく弱体化した。この混乱に乗じて実権を握ったのが、代々守護代を務めていた斎藤氏であった。16世紀半ばには、「美濃の蝮」として知られる下剋上の体現者・斎藤道三によって、最後の守護である土岐頼芸が美濃から追放され、戦国大名としての土岐氏は事実上滅亡を迎えた。