南北朝の合一と「明徳の和約」

後小松天皇は1382年、北朝の後円融天皇の皇子として、室町幕府の強力な支持のもとで即位した。当時は京都の北朝と吉野の南朝が対立する「南北朝の内乱」の末期であり、幕府の3代将軍足利義満は南北朝の合一に向けた政治的工作を本格化させていた。

1392年（明徳3年）、義満の仲介によって、南朝の後亀山天皇が京都へ赴き、後小松天皇に三種の神器を譲り渡す形で南北朝の合一が実現した（明徳の和約）。これによって後小松天皇は、北朝独自の君主から、分裂していた皇統を統一した第100代の正統な天皇となった。この合一は、朝廷に対する室町幕府の圧倒的な優位性を決定づける出来事でもあった。

約束の反故と皇位継承問題

「明徳の和約」においては、今後の皇位継承について、持明院統（北朝系）と大覚寺統（南朝系）が交互に天皇を出す両統迭立（りょうとうてつりつ）を行うことが合意されていた。しかし、後小松天皇および室町幕府はこの約束を遵守する意思を最初から持っていなかった。

1412年、後小松天皇は自身の皇子である躬仁親王（称光天皇）に譲位し、約束を一方的に反故にした。これに激怒した旧南朝勢力は、その後「後南朝」と呼ばれる反乱勢力となり、室町時代を通じて各地で幕府や朝廷に対する抵抗運動（後南朝運動）を繰り返すこととなった。

院政の敷行と持明院統の皇統確立

譲位したのちの後小松上皇は、病弱な称光天皇に代わって院政を開始した。しかし、称光天皇には後継者となる皇子がおらず、皇統が途絶える危機に直面した。そこで後小松上皇は、北朝の崇光天皇の血を引く伏見宮家から貞成親王の子（後の後花園天皇）を猶子（事実上の養子）として迎え、称光天皇の崩御後に即位させた。

これにより、現在の皇室にまでつながる持明院統の皇統を維持・固定化することに成功した。後小松上皇は1433年に崩御するまで、室町幕府の協調のもと、南北朝合一後の動揺する朝廷の秩序維持と、持明院統による皇位独占の基礎を固める役割を果たしたのである。