守護の台頭と荘園制の動揺

荘園制の実質的な解体は、室町時代を通じて守護大名が在地支配を強化していく過程から始まった。鎌倉時代後期から悪党の活動や地頭の侵出によって荘園領主（本所）の支配権は脅かされていたが、室町幕府が成立すると、幕府は軍済確用のために半済令を発布し、守護に荘園や公領の年貢の半分を徴収する権利を認めた。これにより守護の荘園への介入が合法化されていった。

さらに、荘園領主が守護に年貢の徴収と納入を請け負わせる守護請（しゅごうけ）が広く行われるようになると、荘園領主と在地との直接的な繋がりは断ち切られた。守護はこれを奇貨として国人（在地領主）を自らの家臣団に編成し、領国支配を強化していくことで、荘園は実質的に守護大名の領国の一部へと変質していった。

応仁の乱と下克上による本格的崩壊

1467年に勃発した応仁の乱は、荘園制の解体を決定的なものとした。長期にわたる戦乱によって幕府の権威は失墜し、実力で領地を奪い合う下克上の風潮が全国に蔓延した。こうした中、在地に根を張る国人や土豪たちは、自らの勢力拡大のために公然と荘園の押領（横領）や年貢の未進を行うようになった。

また、農民たちも惣村と呼ばれる自治的な村落共同体を形成し、領主に対して年貢の減免を求める土一揆を頻発させた。こうした上と下からの突き上げにより、京都に住む公家や大寺社などの荘園領主は収入を完全に絶たれ、生活困窮の末に没落を余儀なくされた。室町時代後期には、荘園という制度は法的な名目として残るのみとなっていたのである。

戦国大名による一円知行化

戦国時代に入ると、守護大名に代わって台頭した戦国大名が、領内の土地と人民を直接的かつ一元的に支配する体制を築き上げた。戦国大名は指出検地（さしだしけんち）などを実施して家臣や農民に土地の面積や収穫量を自己申告させ、領内の生産力を独自に把握した。

そして、把握した土地を家臣団に対して給与する一円知行（いちえんちぎょう）を推し進めた。これにより、一つの土地に荘園領主、地頭、守護など複数の権力が介入する中世特有の複雑な重層的支配（職の体系）は排除され、大名と家臣による排他的な土地支配が確立した。この時点で、荘園領主が権力を行使する余地は完全に消滅した。

太閤検地と荘園制の最終的消滅

戦国大名による領国支配を経て、荘園制に最終的な引導を渡したのが豊臣秀吉である。秀吉は全国統一の過程で太閤検地を強力に推し進めた。京枡による度量衡の統一と、土地の生産力を米の量に換算する石高制の導入により、全国の土地は統一的な基準で測り直された。

最も重要なのは、検地帳に実際の耕作者（農民）を登録し、その者に耕作権と年貢納入の義務を負わせる一地一作人の原則を打ち立てたことである。これにより、荘園制を支えていた名主・作人・下人といった複雑な階層関係や、公家・寺社による名目的な領有権は完全に否定・整理された。古代後期から約800年にわたって日本の土地制度の根幹をなしてきた荘園制はここに完全に消滅し、幕藩体制へと連なる近世的な封建社会が幕を開けることとなったのである。