天台宗との結びつきと山王信仰

日吉神社は古くから比叡山の地主神として崇められていたが、平安初期に最澄が天台宗を開いて比叡山延暦寺を創建すると、その守護神として位置づけられるようになった。これにより、仏教と神道が融合する神仏習合が急速に進行した。日吉神社の神々は仏が仮に現れた姿（権現）であると解釈され、中国の天台山国清寺の守護神「山王」にちなんで「山王権現（さんのうごんげん）」と称された。この信仰は「山王信仰」として全国に普及し、のちの中世・近世における神仏習合思想に大きな影響を与えた。

僧兵による「強訴」のシンボル

平安時代中期以降、延暦寺が経済的・政治的な勢力を拡大させると、その武装化した大衆（僧兵）たちは自らの政治的主張を通すため、朝廷に対して武力的な威嚇を伴う「強訴（ごうそ）」を繰り返すようになった。この強訴の際、僧兵たちが「神威」の象徴として担ぎ出したのが、日吉神社の神輿（みこし）であった。神罰をおそれる朝廷や貴族たちは、日吉神社の神輿の入洛を防ぎきれず、しばしば要求を呑まざるを得なかった。院政期を現出した白河法皇が、自分の思い通りにならない「天下の三不如意」の一つとして挙げた「山法師（延暦寺の僧兵）」の横暴は、この日吉神社の神輿を用いた強訴を背景としていた。