太閤検地による制度の確立

石高制は、豊臣秀吉が1582年（天正10年）から全国規模で実施した太閤検地によって確立された。それまでの検地は在地領主の自己申告に頼る部分が大きかったが、秀吉は検地尺や京升（きょうます）といった度量衡を全国で統一し、役人を派遣して田畑の面積や等級を直接測量した。

この際、水田だけでなく、畑地や屋敷地、塩田、さらには山林や漁業による収益までもが、すべて「米の収穫量（＝石高）」に換算されて把握された。各土地には段あたりの標準収穫量である石盛（こくもり）が定められ、面積を掛けることでその土地の石高が算出されたのである。これにより、全国のあらゆる土地と富の規模が「石高」という単一の指標で一元的に評価されるようになった。

貫高制からの転換と兵農分離

中世から戦国時代にかけては、土地の価値を銭（貨幣）で換算して税や軍役を賦課する貫高制（かんだかせい）が広く用いられていた。しかし、16世紀後半になると中国からの銅銭（永楽通宝など）の輸入が途絶えがちになり、質の悪い鐚銭（びたせん）が流通するなど、貨幣価値が極めて不安定になっていた。

秀吉は、価値が変動しやすい貨幣を基準とするのをやめ、当時の最も重要な現物資産であり、普遍的な価値を持つ「米」を基準とする石高制へと転換した。また、検地帳に直接耕作する農民を登録する一地一作人の原則を打ち立てることで、中世的な複雑な土地所有関係を清算した。これにより、武士は土地への直接的な支配権を失って石高に応じた米（年貢）を受け取るだけの存在となり、武士と農民の身分を明確に分ける兵農分離を決定づけることとなった。

幕藩体制を支える「米のヒエラルキー」

江戸時代に入ると、徳川幕府は石高制をさらに徹底し、幕藩体制の政治的・軍事的な基盤に据えた。将軍は全国の大名に対し、石高を基準として領地（知行）を宛行い、大名はその石高に応じて家臣に知行を与えた。同時に、幕府が定める軍役令により、大名や旗本は自身の石高に応じて、戦時に動員すべき騎馬・鉄砲・槍・弓の数や兵員数が厳密に規定された。

武士の身分や家格、大名の座次や参勤交代における行列の規模に至るまで、すべてが「何万石か」という数字で決定された。また、幕府が公認した公式の石高である表高（おもてだか）に対し、新田開発などで実質的な生産力が向上した分は内高（うちだか）と呼ばれ、各藩の経済力の実態となっていった。このように、石高制は単なる税制にとどまらず、近世日本の社会階層と軍事編成を規定する絶対的なシステムとして機能したのである。

商品経済の発展と石高制の解体

しかし、江戸時代中期以降になると、石高制の矛盾が表面化し始める。全国的な交通網の整備に伴って商品経済（貨幣経済）が大きく発展し、農村では米よりも利益率の高い商品作物（木綿、菜種、桑など）の栽培が盛んになった。石高制はあくまで米の生産力を基準としていたため、これらの商業的利益を適切に税として吸い上げることが難しかった。

さらに、米の増産によって市場に米が溢れると米価が下落し、年貢米を貨幣に換金して生活していた幕府や武士たちの財政は慢性的に困窮することになった。「米」を絶対的な基準とする石高制は、実体経済の急激な貨幣化・商業化に対応しきれず、幕藩体制の動揺を招く大きな要因となった。

最終的に、明治維新を経た1873年（明治6年）、明治政府が地租改正を実施したことで、土地の価値は米ではなく地価（貨幣）で算定され、税も現金で納入する近代的な税制へと移行した。これにより、約300年にわたって日本社会を束ねてきた石高制は名実ともに解体されたのである。