南蛮貿易による台頭と天正遣欧使節

有馬晴信は、肥前国南部の島原半島を治める大名・有馬義貞の子として生まれた。当時は隣国の龍造寺隆信による圧迫が厳しく、有馬氏は存亡の危機に立たされていた。晴信は勢力を挽回するため、キリスト教の宣教師たちとの結びつきを強める道を選択する。1580年にイエズス会の巡察師ヴァリニャーノから洗礼を受け、キリシタン大名となった。晴信は領内にセミナリヨ（小神学校）を設置するなど熱心に布教を保護し、その見返りとしてポルトガル船の入港による最新の武器や経済的利益を獲得した。

1582年、ヴァリニャーノの提案に応じて、同じくキリシタン大名であった大友宗麟、大村純忠とともに、ローマ教皇のもとへ天正遣欧使節を派遣した。晴信の従兄弟にあたる千々石ミゲルらが副使として参加したこの使節は、ヨーロッパに日本という存在を広く知らしめるとともに、帰国時には印刷機などの西欧の最新技術を日本にもたらした。

島津氏との同盟と「沖田畷の戦い」

キリスト教保護と引き換えにポルトガルからの軍事援助を得た晴信は、薩摩の島津義久と結び、台頭する龍造寺氏に対抗した。1584年、島原半島で起こった沖田畷の戦いにおいて、有馬・島津連合軍は、数倍におよぶ大軍であった龍造寺隆信の軍勢を洋式大砲などを駆使して撃破し、隆信を討ち取ることに成功する。この勝利によって有馬氏は独立を維持した。その後、豊臣秀吉の九州平定にいち早く服属したことで所領を安堵され、文禄・慶長の役（朝鮮出兵）にも小西行長らの軍に属して出兵した。

ノサ・セニョーラ・ダ・グラサ号事件と失脚

江戸幕府が成立してからも、晴信は徳川家康から朱印状を得てタイ（シャム）などとの朱印船貿易に携わり、大きな利益を上げていた。しかし1609年、前年にマカオで起きた有馬船乗組員とポルトガル人との衝突を契機に、長崎港に入港したポルトガル船ノサ・セニョーラ・ダ・グラサ号（マードレ・デ・デウス号）を家康の許可のもとで攻撃し、これを爆沈させる事件を起こした。

この武功により旧領回復を望んだ晴信に対し、本多正純の家臣である岡本大八が、偽の朱印状を用いて多額の賄賂を騙し取る詐欺事件（岡本大八事件）が発生した。1612年にこの陰謀が露見すると、大八は火刑に処され、晴信もまた長崎奉行の暗殺計画などが露見して甲斐国へ流罪となり、のちに処刑（斬首）された。キリシタンであった晴信は、自害（切腹）を禁じる教義に従い、家臣に首をはねさせたという。この事件は、幕府がキリスト教徒に対する不信感を決定的なものとし、全国的な禁教令へと乗り出す歴史的な大転換点となった。