森有礼の教育改革と学校令の制定

明治政府は、欧米列強に対抗するための近代国家建設（富国強兵・殖産興業）を急いでいた。その中で、国家を支える人材育成のあり方が模索され、1885年に内閣制度が創設されると、初代文部大臣に森有礼が就任した。森は国家主義的な教育観に基づき、教育制度の抜本的な再編に着手する。

1886年、森は「小学校令」「中学校令」「師範学校令」そして「帝国大学令」からなる一連の「学校令」を公布した。これにより、初等教育から高等教育、教員養成にいたる近代的な学校体系が整備され、その最高峰として帝国大学が規定されることとなった。

「国家の須要」とエリート官僚養成の仕組み

帝国大学令の第1条には、「帝国大学ハ国家ノ須要ニ応スル学術技芸ヲ教授シ及其蘊奥ヲ攻究スルヲ以テ目的トス」と明記された。これは、学問の探究それ自体が目的ではなく、あくまで「国家の必要（須要）」に応えるための研究・教育機関であるという、国家主義的な性格を強く打ち出したものであった。

組織面では、最高意思決定機関として評議会が置かれ、法科・医科・工科・文科・理科の5つの分科大学（のちに農科が追加）と、研究機関である大学院が設置された。なかでも法科大学は重視され、その卒業生には文官高等試験（高等文官試験）の予備試験免除や、無試験での判事・検事任用といった特権が与えられた。これにより、帝国大学は近代日本の官僚機構（藩閥政府を支える行政実務者集団）へ優秀な人材を供給する、事実上の特権的エリート養成機関としての地位を確立した。

帝国大学の拡張と学問の自律性をめぐる相克

当初、帝国大学は東京の1校のみであったが、1897年に京都帝国大学が設立されたことに伴い、従来の帝国大学は東京帝国大学と改称された。その後、東北、九州、北海道、さらに日本統治下の京城（ソウル）や台北、そして大阪、名古屋へと帝国大学は増設されていき、全国的な知のネットワークと学閥が形成されることとなる。

帝国大学は国家の保護と強い管理のもとに置かれた一方で、西洋のアカデミズムの導入とともに「大学の自治」や学問の自由を求める動きも芽生えた。大正期から昭和初期にかけては、国家の要請と学問の自律性との間で、たびたび思想・学問の自由をめぐる対立（滝川事件や天皇機関説事件など）が生じる背景ともなった。