明治政府の文教政策と「大学校」の設置

明治維新を成し遂げた新政府は、新しい国家を担う近代的な人材を育成するため、速やかに教育機関の整備に着手した。政府は江戸幕府が管轄していた昌平坂学問所、開成所、医学所の3機関を接収し、それぞれ昌平学校、開成学校、医学校として再興した。そして1869（明治2）年、これらを統合して日本の最高学府となる「大学校（のちに大学と改称）」を創設した。

この組織改編において、伝統的な儒学や国学を教授する昌平学校を「大学本校」としたのに対し、西洋の言語や科学技術を教授する開成学校は「大学南校」へと改組された。また、医学を担う医学校は「大学東校」とされ、政府はこれら3校を連携させて官僚や技術者の養成を図った。なお、「南校」という名称は、大学本校（湯島）から見て南側（神田一ツ橋）に位置していたことに由来する。

学問紛議と「東京大学」への発展

大学校の内部では、保守的な国学・儒学を重んじる本校の教員と、実用的な西洋学問を推進しようとする南校・東校の教員や学生との間で、教育方針をめぐる激しい主立権争い（学問紛議）が発生した。この思想的・政治的な対立の結果、1870（明治3）年に文教行政の主導権を失った大学本校は閉鎖に追い込まれることとなった。

その後、近代化を急ぐ明治政府は洋学と医学の重要性を再認識し、1871（明治4）年の文部省設置に伴って大学南校を「南校」へと改称した。南校はその後、第一大学区第一番中学、東京開成学校と改称・再編を繰り返しながら、お雇い外国人を招いて高度な専門教育を行う機関へと脱皮していった。そして1877（明治10）年、東京開成学校は東京医学校（旧・大学東校）と合併し、日本初の近代大学である東京大学（のちの帝国大学）へと発展を遂げることとなった。