蓮如の北陸下向と吉崎御坊の創建

室町時代中期、本願寺第8世の蓮如は、比叡山延暦寺（天台宗）などの既成仏教勢力から激しい弾圧を受けた。1465年には京都の大谷本願寺を破却され（寛正の法難）、近江国などへの避難を余儀なくされる。こうした苦境の中で蓮如が新天地として選んだのが、越前国と加賀国の国境付近に位置する吉崎の地であった。

1471年、吉崎の孤島状の丘陵に吉崎御坊が築かれると、蓮如はここを拠点として精力的な布教活動を開始した。親しみやすい仮名書きの説教状である「御文（おふみ）」を多用し、また信徒たちを小規模な信仰共同体である「講（こう）」として組織化していく手法により、それまで既存の仏教が十分に救いきれなかった農民や地侍（国人）層の心を急速に掴んでいった。

「寺内町」の形成と宗教都市への発展

吉崎に蓮如が定住したことで、北陸地方のみならず奥羽や信濃など、広範囲から数多くの門徒や参詣者が吉崎へと群集するようになった。参詣者や居住者の急増に伴い、吉崎御坊の周囲には多種多様な宿坊、民家、そして商工業者の店舗が立ち並ぶようになり、一大寺内町（じないちょう）へと発展を遂げた。

この寺内町は、世俗の支配権（守護大名などの不入権）が及ばない、宗教的信念に基づいた自治空間としての性質を強く持っていた。こうして形成された強固な門徒の人的・物的ネットワークは、単なる宗教組織にとどまらず、地域社会における独自の権力主体としての実力を持つに至った。

一向一揆への進展と戦国・安土桃山時代への影響

吉崎における急速な勢力拡大は、周囲の守護大名や、真宗他派（高田専修寺派など）との間に深刻な対立を引き起こした。さらに、蓮如の意図を超えて過激化した門徒たちが、社会秩序や権力に抵抗する一向一揆を各地で組織するようになる。1474年には、越前国の守護代であった甲斐氏の排斥運動や、加賀国の守護家（富樫氏）の内紛に門徒が深く介入する事態へと発展した。

治安の悪化と門徒の先鋭化を危惧した蓮如は、1475年に吉崎を退去したが、吉崎御坊によって培われた門徒たちの組織力と主体的意識は衰えなかった。1488年には加賀一向一揆が守護の富樫政親を自刃に追い込み、約100年にわたる「百姓の持ちたる国」を現出させる契機となった。吉崎御坊に端を発する一向一揆のエネルギーは、のちの安土桃山時代における織田信長と本願寺（石山合戦）との死闘へと歴史を大きく動かしていくこととなる。