自由民権運動と主権論争の勃発

明治時代前期、板垣退助らを中心とする自由民権運動が高揚すると、憲法の制定と国会の開設が日本の喫緊の政治課題となった。その際、立憲体制を構築する上で「国家の最高権力（主権）を誰が持つのか」という根本的な問題が最大の争点として浮上した。フランスの思想家ルソーの『社会契約論』などに影響を受けた急進的な民権派は、主権は国民にあるとする主権在民を唱え、国民の代表からなる議会を中心とした政治体制を求めた。これに対し、政府や保守派は、日本の歴史的伝統と強力な中央集権体制の維持を理由に、主権は天皇に帰属するという主権在君を強く主張し、両者は激しく対立することとなった。

立憲帝政党の結成と保守派の理論武装

1881年（明治14年）、政府が「国会開設の勅諭」を発して10年後の国会開設を約束すると、これに向けて全国で政党の結成が相次いだ。板垣退助の自由党や大隈重信の立憲改進党といった民権派政党に対抗するため、翌1882年（明治15年）に福地源一郎や丸山作楽らによって結成されたのが立憲帝政党である。同党は政府の事実上の御用政党として機能し、その綱領の第一に「主権在君」を掲げた。彼らは、天皇が主権者として自らの意思で制定する欽定憲法の形をとるべきであると主張し、議会の権限を制限して天皇の統治権を擁護する立場をとった。これにより、政府側は急進的な民主主義思想に対する理論的な防波堤を築こうとしたのである。

大日本帝国憲法における法制化と天皇大権

政府の中枢にいた伊藤博文や井上毅らは、憲法制定にあたり、君主の権限が強いドイツのプロイセン憲法を模範とした。そして1889年（明治22年）に発布された大日本帝国憲法において、主権在君の思想は明確に法制化された。同憲法第1条は「大日本帝国ハ万世一系ノ天皇之ヲ統治ス」と定め、第4条で「天皇ハ国ノ元首ニシテ統治権ヲ総攬（そうらん）シ…」と規定し、天皇が国家の絶対的な主権者であることを宣言した。

この主権在君の原則のもと、帝国議会は天皇の立法権を「協賛（協力・同意）」する機関にすぎないと位置づけられ、司法権も「天皇ノ名ニ於テ」裁判所が行使するものとされた。さらに、軍隊の指揮統率権である統帥権は議会や内閣の統制を受けない天皇の独立した大権（統帥権の独立）とされるなど、広範な天皇大権が規定された。このように、主権在君は近代日本の国家体制を形作る最も重要な骨格となったのである。

天皇機関説問題と主権在君論の変容・終焉

大正時代に入り政党政治が発達する（大正デモクラシー）と、憲法学者の美濃部達吉が提唱した天皇機関説が学界や政界の主流となった。これは、国家を一つの法人とみなし、主権はその国家法人に属し、天皇は国家の最高機関として憲法に従って統治権を行使するという解釈であり、主権在君を立憲主義的に制限しようとする試みであった。

しかし、1930年代に軍部が台頭すると、天皇の絶対性を損なうものとして天皇機関説への排撃が激化した。1935年（昭和10年）の天皇機関説事件およびそれに続く国体明徴運動により、天皇を絶対的な主権者とする神がかり的な主権在君論（天皇主権説）が再び強制され、これが日本を第二次世界大戦へと突き動かす精神的支柱の一つとなった。この絶対的な主権在君体制は、1945年（昭和20年）の敗戦を経て、1947年（昭和22年）に主権在民（国民主権）と象徴天皇制を明記した日本国憲法が施行されたことによって、歴史的な終焉を迎えた。