大航海時代とイエズス会の創設

16世紀前半のヨーロッパでは、ルターらによる宗教改革の嵐が吹き荒れており、これに危機感を抱いたカトリック教会側では内部刷新と教勢の回復を目指す「対抗宗教改革（反宗教改革）」の動きが起こっていた。パリ大学で学んでいたザビエルは、同郷のイグナティウス＝デ＝ロヨラらと志を同じくし、1534年にカトリックの厳格な修道会であるイエズス会を創設した。

イエズス会は、プロテスタントの進出に対抗するため、大航海時代という時代背景を活かして積極的に海外への布教活動を展開した。ザビエルはポルトガル国王ジョアン3世の依頼を受け、東洋（アジア）方面の布教責任者としてインドのゴアに派遣され、さらにマラッカやモルッカ諸島など東南アジア各地での布教に従事した。

アンジローとの出会いと日本来航

マラッカに滞在中、ザビエルは殺人の罪から逃れて海外に渡っていた日本人青年アンジロー（ヤジロウ）と出会う。彼から日本の地理や文化、日本人の道徳水準の高さについて聞いたザビエルは、日本がキリスト教の福音を伝えるのに非常に適した国であると確信し、日本への渡航を決意した。

1549年、アンジローの案内のもと、ザビエルら一行は中国船に便乗して薩摩国の鹿児島に上陸した。これが日本へのキリスト教伝来である。ザビエルは薩摩の守護大名である島津貴久に謁見し、当初は好意的に迎えられて布教の許可を得たが、やがて仏教僧らの激しい反発を受け、鹿児島を去ることとなった。

京都への上洛と布教活動の挫折

ザビエルは、日本全国で自由に布教を行うためには、国の最高権力者である天皇や室町幕府の将軍からの勅許が必要であると考えた。彼は平戸を経て、周防国の山口で大名・大内義隆に謁見したのち、厳冬の中を歩いて京都（都）へと向かい、1550年末に到着した。

しかし、当時の京都は応仁の乱以降の長きにわたる戦乱（戦国時代）によってすっかり荒廃していた。後奈良天皇や13代将軍・足利義輝への謁見を求めたものの、献上品を持っていなかったことや権威の失墜などの理由から面会は叶わず、全国布教の許可を得るという彼の目論見は大きく挫折することとなった。

有力大名との交流と歴史的意義

京都の惨状を目の当たりにしたザビエルは方針を転換し、実力を持つ地方の有力大名を保護者とすることを決めた。再び山口を訪れた彼は、大内義隆に時計や眼鏡、火縄銃などの西洋の珍しい品々を献上した。これに喜んだ義隆から廃寺（大道寺）を与えられ、山口での本格的な布教活動とキリスト教徒（キリシタン）の獲得に成功した。

その後、豊後国の大友義鎮（宗麟）からの招きを受けて府内に赴き、ここでも手厚い保護を受けた。ザビエルは、日本人の思想的背景に仏教や儒教などの中国文化が深く根付いていることを知り、日本布教をより円滑に進めるためには、文化的源流である中国（明）への布教が先決であると悟った。

1551年、ザビエルは布教の拠点を中国に移すために日本を離れた。しかし翌1552年、中国本土への潜入を前に広東沖の上川島（サンシアン島）で病に倒れ、帰らぬ人となった。ザビエルの日本滞在はわずか2年あまりであったが、彼が残した布教の足跡は後続の宣教師たちに引き継がれ、南蛮貿易の発展やキリシタン大名の誕生など、日本の歴史・文化に多大なる影響を及ぼすこととなった。