南朝成立の背景と吉野遷幸

1333年の鎌倉幕府滅亡後、後醍醐天皇は天皇親政を目指して建武の新政を開始した。しかし、恩賞の不公平や性急な制度改革、旧来の武家慣習を軽視した政治運営により、武士層の強い不満を招いた。やがて武家政権の再興を目指す足利尊氏が離反し、1336年の湊川の戦いで新政軍（楠木正成ら）を破って京都を制圧した。尊氏は持明院統の光明天皇を擁立（北朝）し、新たな武家政権（室町幕府）を開く準備を進めた。一方、京都に幽閉されていた後醍醐天皇は同年12月に密かに京都を脱出し、大和国吉野の山中に逃れた。そして、「北朝に渡した三種の神器は偽物であり、自らが持つ神器こそが本物である」と主張し、吉野に独自の朝廷を開いた。これが「南朝」の始まりである。

動乱の展開と南朝方の抵抗

南朝は、圧倒的な武力と経済基盤を持つ幕府・北朝側に対抗するため、後醍醐天皇の皇子たちを地方に派遣し、反幕府勢力を結集しようと試みた。代表的な動きとして、北畠親房は東国へ赴き、南朝の正統性を歴史的に基礎づける『神皇正統記』を執筆しつつ各地の武将の組織化を図った。また、九州に征西将軍として赴任した懐良親王は、一時は大宰府を占拠して明（中国）から「日本国王」に封じられるなど、強大な独立勢力を築き上げた。南朝は幕府内部の抗争（観応の擾乱）に乗じて、一時的に京都を奪還し北朝の天皇や上皇を拉致する事態（正平一統）も引き起こしたが、長期的な京都支配には至らず、次第に劣勢を余儀なくされていった。

南朝の衰退と南北朝合一

後醍醐天皇の崩御後、南朝の皇位は後村上天皇、長慶天皇、後亀山天皇へと引き継がれたが、建武以来の有力武将が次々と戦死・病死し、勢力は吉野や河内、紀伊などの山間部に限定されていった。室町幕府の第3代将軍・足利義満の時代になると、幕府権力は安定期を迎え、義満は自らの絶対的な優位を背景に南朝への和平工作を進めた。1392年（明徳3年/元中9年）、義満の提案により「三種の神器の北朝への引き渡し」と「両統迭立（大覚寺統と持明院統が交互に皇位に就くこと）」、さらには諸国の国衙領の南朝への譲渡などを条件に、南朝の後亀山天皇が京都に赴いて北朝の後小松天皇に譲位する形式がとられた。これによりおよそ60年に及んだ動乱は終結し（明徳の和約）、南朝は名実ともに消滅した。

後世への影響と南朝正閏論

合一の条件であった両統迭立の約束は幕府によって反故にされ、以降の皇位は北朝の系統（持明院統）に独占された。これに激しく反発した旧南朝の遺臣たちは「後南朝」として15世紀後半まで局地的な抵抗を続けた。さらに歴史的に重要なのは、南朝の存在が後世の日本史観に与えた影響である。江戸時代には、水戸藩の徳川光圀が編纂を主導した『大日本史』において、天皇の象徴である三種の神器を保持していた南朝を「正統」とする見解（南朝正統論）が確立した。この大義名分論に基づく思想は幕末の尊王攘夷運動の精神的支柱となり、明治維新以降の近代天皇制においては国家公認の歴史観として採用された。現在の皇室は北朝の系統に連なるものの、歴代天皇の系譜としては第96代後醍醐天皇から第99代後亀山天皇までの南朝の天皇が正統と位置づけられている。