徳川入国と伊奈氏による支配の確立

1590年（天正18年）、豊臣秀吉の小田原征伐によって後北条氏が滅亡すると、徳川家康は関東への国替えを命じられた。家康は広大な関東地方を治めるにあたり、民政や財政を担う「代官頭（だいかんがしら）」を配置した。その一人が伊奈忠次（ただつぐ）であり、武蔵国小室（現・埼玉県伊奈町）を本拠として関東の天領支配を担当した。

忠次の死後、その子である忠政、忠治へと役職が受け継がれる過程で、他の代官頭（大久保長安など）が失脚あるいは廃止される中、伊奈氏のみがその地位を維持し続けた。やがて伊奈氏の当主は、江戸馬喰町の郡代屋敷に居住して関八州の天領を統括するようになり、実質的な関東郡代としての地位を確立した。関東郡代は勘定奉行の配下に属しながらも、独自の強い権限を持ち、関東地方の農政・税制の最高責任者として機能した。

「伊奈流（関東流）」の治水・民政と関東開発

関東郡代としての伊奈氏の最も際立った功績は、治水および新田開発を中心とした国土計画である。当時、関東平野は利根川や荒川が頻繁に氾濫する湿地帯であった。伊奈氏は代々、高度な土木技術を用いて利根川の東遷（流路を太平洋の銚子側へ変える事業）や、荒川の西遷（流路を東京湾側から落とす事業）を進めた。これにより、江戸を洪水から守ると同時に、広大な関東平野の水はけを良くし、大規模な新田開発（武蔵野新田など）を可能にした。

こうした伊奈氏独自の治水技術や、堤防構築に際して領民の協力を仰ぎつつ負担を軽減させる柔軟な農民支配の手法は、「伊奈流（関東流）」と呼ばれた。これは、後に徳川吉宗の享保の改革期に台頭する、紀州流の治水・土木技術（利根川の本格的な治水や見沼代用水の開削など）と比較され、初期の農政・治水の模範として高く評価された。

寛政の改革と関東郡代の終焉

江戸中期以降、関東地方では「旗本領」や「大名領」、「天領」が複雑に入り組む入り合い支配（知行混釈）が進み、農村の荒廃や治安の悪化が深刻な社会問題となっていった。関東郡代の支配力をもってしても、こうした広域にわたる治安問題や農村再建に対応することが次第に困難となっていった。

このような状況下、1792年（寛政4年）、12代郡代であった伊奈忠尊（ただたか）の代に、伊奈家内部でお家騒動（伊奈騒動）が勃発した。時の老中・松平定信が進める寛政の改革の最中、綱紀粛正の一環として伊奈氏は改易（お家断絶）処分となり、関東郡代の役職も同時に廃止された。

関東郡代の廃止後、その権限は幕府直轄の代官（在方掛）へと分散され、関東の治安維持は、のちに19世紀に入って設置される関東取締出役（八州廻り）へと受け継がれることになり、幕府の関東支配体制は大きく変容していくこととなった。