戦国大名大友氏の領国支配と「府内」の繁栄

豊後国は、古代の「豊国（とよのくに）」が豊前と豊後に分割されて成立した。鎌倉時代に大友能直が豊後国守護に任じられて以来、同国は大友氏の一貫した本国として支配された。戦国時代に入り、21代当主である大友義鎮（宗麟）の時代に最盛期を迎える。宗麟は周辺諸国を従えて九州６ヶ国を支配する巨大な勢力を築き、守護所であった府内（現・大分市）は領国支配の中枢として、また国際色豊かな文化都市として急速な発展を遂げた。

キリシタン信仰と南蛮貿易の展開

豊後国、特に府内は、日本における西欧文化受容の最先端地であった。1551年に宗麟が宣教師フランシスコ・ザビエルを府内に招いたことを契機に、豊後国でのキリスト教布教が本格化した。宗麟は領内でのキリスト教布教を保護するとともに、ポルトガル船の来航を促して南蛮貿易を積極的に推進した。これにより、豊後には西洋の先進的な医学や科学技術、芸術がもたらされ、日本初の西洋式病院（アルメイダ病院）や、コレジオ（宣教師養成学校）などが建設された。宗麟自身も後に洗礼を受け、キリシタン大名となっている。

戦国末期の動乱と大友氏の改易

大友氏は九州制覇を目指して南下を試みたが、1578年に薩摩の島津氏との間で起きた耳川の戦いで大敗を喫し、一転して衰退期に入る。その後、島津氏による豊後侵攻を受けて窮地に陥った宗麟は、豊臣秀吉に臣従して救済を求めた。これにより秀吉による九州平定が実現し、大友氏は豊後一国の安堵を得たが、宗麟の跡を継いだ大友義統は文禄の役（朝鮮出兵）における敵前逃亡の嫌疑をかけられ、1593年に秀吉によって改易された。大友氏の没落後、豊後国は豊臣蔵入地や複数の小大名による分割支配地となり、江戸時代の「豊後八藩」と呼ばれる細分化された統治体制へと移行していくこととなった。