王政復古と神祇官の復興

明治新政府は、天皇を中心とした新たな国家体制を構築するにあたり、古代の律令制にならった「祭政一致」の理念を掲げた。慶応4年（1868年）に神祇官が復興され、翌1869年には行政の最高機関である太政官よりも上位に位置づけられるなど、神祇官は極めて強力な権威を持たされた。政府は1870年（明治3年）に「大教宣布の詔（たいきょうせんぷのみことのり）」を発布し、天皇の神格化と神道国教化政策を強力に推進していく姿勢を示した。

神祇省への格下げとその背景

しかし、富国強兵や殖産興業といった近代化政策を急ピッチで進める政府にとって、祭祀を司る機関が現実の政治行政を行う太政官の上に立つことは、実務上の弊害が大きかった。また、廃藩置県を経て中央集権体制が確立する中で、行政機構の近代化・合理化が急務となった。そこで1871年（明治4年）8月、政府は太政官制の大規模な改革を行い、神祇官を太政官の下位機関である神祇省へと降格させた。この改組は、理念先行であった初期の祭政一致政策が、現実の国家運営の前に実質的な転換期を迎えたことを意味している。

神道による国民教化の模索

神祇省へと格下げされたものの、その役割は単なる祭祀の執行から、より実践的な国民教化へと重点が移された。当時の政府は、西洋思想の流入やキリスト教の浸透に強い危機感を抱いており、神祇省を通じて神道による思想統一を図ろうとした。全国に宣教使（せんきょうし）を配置し、天皇崇拝と国家への忠誠を民衆に植え付ける活動を展開したが、教義体系が不十分な神道単独での布教活動は、民衆に十分浸透しなかった。

教部省への改組と祭政分離の進展

神道単独での国民教化が限界に達するとともに、廃仏毀釈によって打撃を受けていた仏教勢力からも、教化活動への参加を求める声が高まった。また、欧米列強からのキリスト教解禁の圧力も日増しに強まっていた。これらに対応するため、政府は1872年（明治5年）3月に神祇省を廃止し、神道と仏教を合同させて国民教化にあたらせる教部省を新たに設置した。

神祇省の廃止に伴い、これまで同省が管轄していた宮中祭祀は宮内省へと移管された。これにより、国家の「祭祀」と、国民を導く「宗教行政（教化）」が明確に分離されることとなり、のちに成立する国家神道体制へとつながる極めて重要な歴史的画期となったのである。