王城鎮護の要としての創建と二所宗廟

平安京の遷都以降、朝廷は都を守護するための宗教的障壁を東西南北に配置した。その中で、平安京の南西（裏鬼門）に位置する要衝の地・男山に、平安初期の859年（貞観元年）、大安寺の僧である行教が宇佐八幡宮（宇佐神宮）の神託を受けて勧請したのが石清水八幡宮の起源である。翌860年には清和天皇の命によって社殿が建立された。

八幡神（応神天皇、比売神、神功皇后の総称）は皇室の祖先神とみなされたため、石清水八幡宮は伊勢神宮に次ぐ二所宗廟（にしょそうびょう）として国家的な崇敬を受けた。国家の重大事の際には、朝廷から奉幣使（勅使）が派遣され、朝廷が直轄的に保護・管理する「二十二社」の中でも最上位の上七社に位置づけられた。

神仏習合の展開と源氏による武家信仰の成立

石清水八幡宮は、神仏が一体として祀られる神仏習合（しんぶつしゅうごう）の代表的な宮寺（ぐうじ）であり、「石清水八幡宮護国寺」と称された。神座の傍らには仏殿や薬師堂が立ち並び、僧侶が神前で読経を行うなど、中世を通じて仏教との深い融合が見られた。

また、同社は清和源氏（特に河内源氏）と極めて深い結びつきを持った。源経基や源満仲に始まり、前九年の役・後三年の役で活躍した源頼義・義家親子が熱烈な八幡信仰を寄せた。特に源義家は、石清水八幡宮で元服したことから「八幡太郎義家（はちまんたろうよしいえ）」と名乗り、八幡神を自らの守護神とした。これにより、八幡神は「武威の神」としての性格を強めていく。

鎌倉幕府への継承と全国への波及

源氏による信仰は、のちに鎌倉幕府を開いた源頼朝へと受け継がれた。頼朝は、治承・寿永の乱（源平合戦）の最中である1180年、鎌倉の地に石清水八幡宮を勧請し、現在の鶴岡八幡宮へと発展させた。鎌倉幕府の事実上の創建地・宗教的中心地に八幡宮を据えたことで、八幡神は「東国武士の守護神」としての地位を確立した。

鎌倉時代以降、武家の棟梁たる源氏の信仰に倣い、全国の御家人や武士たちが自身の領地に八幡神を勧請した。これにより、石清水八幡宮を本宮とする八幡神社は日本全国に浸透し、現代でも日本で最も数の多い神社（八幡信仰）のネットワークが形成されることとなった。