豊臣政権との結合と聚楽第行幸

後陽成天皇は、正親町（おおぎまち）天皇の譲位を受けて1586年に即位した。当時、天下統一を急速に進めていた豊臣秀吉は、武力による制覇だけでなく、伝統的な朝廷の権威を最大限に利用して自らの政権を正当化しようと試みた。天皇は秀吉を関白に任じ、豊臣の氏姓を授けることで、秀吉による天下静謐（てんかせいひつ）の主導権を公認する役割を果たした。

その結合を天下に誇示した最大の政治イベントが、1588年（天正16年）に行われた聚楽第行幸（じゅらくだいぎょうこう）である。後陽成天皇は秀吉が京都に造営した聚楽第を公式に訪問し、そこで徳川家康をはじめとする有力大名たちから、天皇と秀吉に対する忠誠の誓約を受け取った。この行幸は、秀吉の支配権が天皇の権威と分かちがたく結びついていることを諸大名に植え付け、豊臣政権による「惣無事（私戦禁止）」の秩序を確定させる上で極めて大きな歴史的意義を持った。

学問・出版事業への情熱と「慶長勅版」

後陽成天皇は学問や文化に対する関心が非常に深く、戦乱の中で散逸しかけていた古典籍の保存や復興に尽力した。特に有名な功績が、秀吉の朝鮮出兵（文禄・慶長の役）の際に朝鮮半島から伝来した金属活字や、それをもとに作られた木活字を用いて行われた活版印刷事業である。

この事業によって刊行された書物は慶長勅版（けいちょうちょくはん）と呼ばれ、『日本書紀』や『古文孝経』などの古典が印刷・広く頒布された。これは日本における印刷文化史上、極めて重要なマイルストーンであり、軍事力が支配する時代にあって、朝廷が「文化と学問の保持者」としての独自性を発揮しようとした象徴的な動向であった。

江戸幕府の成立と皇位継承をめぐる相克

豊臣秀吉の死後、覇権を握った徳川家康が征夷大将軍に就任して江戸幕府を開くと、朝廷と武家の関係は新たな局面に突入した。後陽成天皇は家康の将軍宣下を行ったものの、次第に朝廷に対する干渉と統制を強めていく徳川氏に対して強い不満を抱くようになった。

特に1609年（慶長14年）に宮中で発生した公家と女官の醜聞事件（猪隈事件）に際し、家康が朝廷の司法権に介入して当事者を処刑したことは、天皇と幕府の緊張関係を決定的なものにした。天皇は自らの意思による譲位（後水尾天皇への皇位継承）を望んだが、幕府の意向との間で激しい対立が生じ、退位問題は数年にわたって膠着した。1611年（慶長16年）にようやく譲位が実現したが、その後の1615年（慶長20年）に幕府が制定した禁中並公家諸法度により、朝廷の行動は「学問第一」として政治から厳しく隔離されることとなった。後陽成天皇の治世は、中世的な天皇の政治的権限が解体され、近世的な「学問・芸術の権威」へと変質させられていく苦闘の歴史そのものであった。