比叡山開創と天台宗の成立

延暦寺の歴史は、延暦7年（788年）に最澄が比叡山に入り、一乗止観院（現在の根本中堂）を創建したことに始まる。その後、桓武天皇による平安京遷都（794年）に際し、都の北東に位置する比叡山は鬼門を封じる鎮護国家の道場として位置づけられ、朝廷から手厚い庇護を受けた。最澄は遣唐使として唐に渡って天台教学を学び、帰国後に天台宗を開宗した。最澄の死後、悲願であった大乗戒壇の設立が勅許され、これによって南都（奈良）の旧仏教からの完全な独立を果たした。「延暦寺」という寺号は、最澄の没後である弘仁14年（823年）、嵯峨天皇から当時の元号をとって下賜されたものである。

日本仏教の母山としての役割

平安時代中期以降、円仁（慈覚大師）や円珍（智証大師）らによって密教化（台密）が進められ、天台宗は真言宗と並ぶ日本仏教の二大潮流となった。さらに10世紀には、第18代天台座主の良源（元三大師）の下で伽藍の復興と教学の振興がなされ、比叡山は全盛期を迎えた。また、源信が『往生要集』を著して浄土教の基礎を築いたことも特筆に値する。ここでの厳しい修行と学問の蓄積は後世に多大な影響を与え、鎌倉時代に入ると、法然（浄土宗）、親鸞（浄土真宗）、栄西（臨済宗）、道元（曹洞宗）、日蓮（日蓮宗）など、鎌倉新仏教の開祖となる名僧たちを次々と輩出した。このことから、延暦寺は「日本仏教の母山」と称されている。

僧兵の台頭と「南都北嶺」

中世に入ると、延暦寺は全国に広大な荘園を領有し、経済的・軍事的に強大な権力を誇る一大独立勢力のような様相を呈した。内部では、円仁の門流である延暦寺（山門派）と、円珍の門流である園城寺（寺門派）との間で激しい抗争が繰り返され、度々武力衝突に発展した。また、堂衆などの下級僧侶を武装化させた僧兵（山法師）を組織し、自らの要求を通すために日吉大社の神輿を担いで京都に乱入する強訴を頻発させた。当時の最高権力者であった白河法皇すら「賀茂川の水、双六の賽、山法師、これぞわが心にかなわぬもの」と嘆いたという逸話が『平家物語』に記されており、興福寺の僧兵（奈良法師）とともに「南都北嶺」と恐れられ、朝廷や幕府の政治を度々脅かした。

織田信長の焼き討ちと近世以降の復興

戦国時代においても延暦寺は強大な世俗的権力を保持し続け、浅井・朝倉連合軍を匿うなどして天下布武を推し進める織田信長と激しく対立した。その結果、元亀2年（1571年）、信長による比叡山焼き討ちを受け、根本中堂をはじめとする大半の堂塔伽藍が灰燼に帰し、多くの僧侶が殺害されてその勢力は一時完全に壊滅した。しかし、信長の死後、豊臣秀吉や徳川家康らの庇護によって徐々に復興が図られ、寛永19年（1642年）には徳川家光によって現在の根本中堂が再建された。江戸時代に入ると、徳川将軍家の祈祷寺として江戸に寛永寺（東叡山）が創建され、天台宗の政治的中心は関東に移ったものの、延暦寺は天台宗の総本山としての高い格式と権威を保ち続けた。現在では、日本仏教の聖地としてのみならず、「古都京都の文化財」の一部としてユネスコの世界文化遺産にも登録されている。