身分制の再編と士族の誕生

明治新政府は、中央集権的な近代国家を建設するため、江戸時代の幕藩体制を支えていた封建的な身分制度（士農工商）の解体に着手した。1869年（明治2年）の版籍奉還に伴い、政府は従来の公家と大名を「華族」とし、中・上層の旧武士層を「士族」、下層の足軽などを「卒族」に分類した（のちに卒族は士族と平民に編入された）。さらに旧来の農・工・商などを「平民」と位置づけた。

1871年（明治4年）には平民の苗字使用が許され、華族や士族と平民との通婚も自由とされるなど、いわゆる「四民平等」の政策が推進された。しかし、法的な特権が徐々に消滅していくなかにあっても、「士族」という呼称は戸籍上の族称として記載され続け、旧武士層の社会的矜持として長く意識されることとなった。

封建的特権の剥奪と秩禄処分

士族は当初、江戸時代から引き継いだ家禄（世襲の給与）を受け取る権利や、帯刀の風習を維持していた。しかし、国家財政の約3割を占めていた士族への禄制は新政府にとって重い負担であり、また近代的な国民国家の形成には特定の身分が軍事力を独占する体制は不都合であった。

そこで政府は、1873年（明治6年）の徴兵令によって国民皆兵の原則を打ち立て、士族から「軍役の独占」という存在意義を奪った。さらに1876年（明治9年）には廃刀令を布告して武士の魂とされた帯刀の特権を禁じた。そして同年、家禄制度を完全に廃止し、代償として金禄公債証書を交付する秩禄処分を断行した。これにより、士族は安定した経済的基盤を完全に失い、多くの者が生活の困窮に直面することとなった。

不平士族の反乱から自由民権運動へ

特権の喪失と急激な近代化政策、さらには生活の困窮に対する士族たちの不満は沸点に達した。明治6年の政変（征韓論争）で下野した西郷隆盛や江藤新平らに呼応するように、各地で不満を抱いた層（不平士族）が武力蜂起を引き起こした。1874年の佐賀の乱を皮切りに、神風連の乱、秋月の乱、萩の乱といった士族反乱が連続して発生した。

これらの武装蜂起は、1877年（明治10年）に西郷隆盛を擁して起きた最大規模の士族反乱である西南戦争によって頂点に達した。しかし、政府の徴兵軍隊の前に反乱軍は敗れ去り、武力による政府への対抗が不可能であることが証明された。この結果、士族たちの反政府運動は言論による政治闘争へと転換し、国会開設や憲法制定を求める自由民権運動の大きな潮流へと合流していった。

士族授産と近代社会への適応

没落していく士族を救済するため、政府は公有地の払い下げや資金の貸し付けを行い、彼らを農業や商業に就かせる士族授産政策を推進した。しかし、商売や農業の経験がない士族の多くは事業に失敗し、「士族の商法」と揶揄される結果に終わることが多かった。

その一方で、江戸時代から培われた高い教養や識字能力、そしてかつての指導層としてのエリート意識を持つ士族たちは、新たな社会において別の形で活躍の場を見出した。彼らは新政府の官僚や軍人、警察官として近代国家の骨格を担ったほか、教員として近代教育の普及に尽力し、あるいはジャーナリストや実業家として日本の近代化を強力に牽引した。

近代日本の形成期において特別な役割を担った「士族」という族称は、第二次世界大戦後の1947年（昭和22年）、日本国憲法の施行に伴う戸籍法改正によって華族制度とともに廃止され、日本の歴史から完全に姿を消した。