司法省の創設と初期の役割

明治新政府は発足当初から統治機構の試行錯誤を繰り返していたが、1871年（明治4年）の廃藩置県に伴う官制改革において、裁判を所管する刑部省と、監察・警察を所管する弾正台を統合し、新たに司法省を設置した。初代司法卿には江藤新平が就任し、近代的な司法制度の確立に向けた基礎固めが行われた。

設立当初の司法省は、現在の法務省のような司法行政事務にとどまらず、自ら裁判を行い、さらには警察権も掌握する強大な機関であった。しかし、行政と司法の未分離は近代国家としての体裁を整える上で問題があり、政府の整備が進むにつれて機能の整理が行われることとなる。

警察権の分離と司法権独立への歩み

1873年（明治6年）に大久保利通の下で内務省が設立されると、司法省が持っていた警察権は内務省へと移管され、司法省は司法行政と裁判に特化することとなった。さらに1875年（明治8年）の立憲政体の詔書に基づく改革によって、最高裁判所に相当する大審院が設置された。

大審院の設置は、行政機関（司法省）から司法機関（裁判所）を分離し、司法権の独立を図る画期的な第一歩であった。しかし、この段階ではまだ司法大臣（当時は司法卿）が大審院を含む全国の裁判所に対する強い監督権や人事権を握っており、完全な独立には至っていなかった。

大日本帝国憲法体制下の司法省

1889年（明治22年）に大日本帝国憲法が発布され、翌1890年に裁判所構成法が施行されると、裁判官の身分保障が明文化され、近代的な司法制度が形式的に完成した。1891年（明治24年）の大津事件では、大審院院長の児島惟謙が政府（行政府）の圧力を退けて司法権の独立を守り抜いたことが知られている。

だが、制度上は依然として司法大臣（司法省）が裁判所の司法行政権（人事・予算の編成権など）を掌握していた。また、検察権は司法省と完全に一体化しており、検事局は各裁判所に附置される形で置かれた。昭和期に入り治安維持法体制が強化されると、思想検事を擁する司法省は内務省（特高警察）とともに、思想統制や社会運動の弾圧において中心的な役割を担うこととなった。

戦後の司法制度改革と解体

第二次世界大戦での敗戦後、GHQの指令に基づく徹底的な民主化と制度改革が実施された。1947年（昭和22年）に日本国憲法が施行されると、司法権の独立を完全に保障するため、これまで司法省が持っていた裁判所に対する司法行政権や規則制定権は、新たに発足した最高裁判所へと全面的に移譲された。

これにより、司法省は裁判所に対する監督権を失い、検察・行刑・戸籍などの法務行政のみを所管する官庁へと性格を大きく変えた。そして1948年（昭和23年）、司法省は廃止されて法務庁（後に法務府を経て、現在の法務省）へと改組され、約70年にわたる歴史に幕を閉じたのである。