結成の背景と「美術学校騒動」

明治維新後の急激な西洋化の中で、日本の伝統美術は一時衰退の危機にあった。この状況を憂いたアーネスト・フェノロサと岡倉天心は、国粋主義的風潮も相まって日本美術の復興に尽力し、1887年（明治20年）に東京美術学校（現在の東京藝術大学）を設立した。

天心は校長として強い指導力を発揮し、日本画の近代化を推し進めたが、西洋画派との対立や学内行政を巡る軋轢から、1898年（明治31年）に排斥運動（いわゆる「美術学校騒動」）が勃発した。その結果、天心は校長辞任に追い込まれ、彼を慕う橋本雅邦、横山大観、下村観山、菱田春草といった有力な教授陣も連座して辞職した。彼らは同年のうちに谷中初音町に集い、官学に対抗する新たな在野の美術団体として日本美術院を創設したのである。

新しい日本画の模索と「朦朧体」

日本美術院は、単に古来の伝統を固守するのではなく、西洋画の持つ合理的な空間表現や光の描写を取り入れ、新時代の日本画を創造することを理念とした。特に若手の横山大観や菱田春草らは、日本画の伝統的な特徴であった「線描」をあえて排し、色彩の濃淡のみで空気感や光を表現する没線描法を試みた。

しかし、当時の保守的な画壇や評論家からは、輪郭がぼやけた不明瞭な画風であるとして「朦朧体（もうろうたい）」と揶揄され、国内での評価は低迷した。それでも彼らは信念を曲げず、インドや欧米へ渡航して展覧会を開き、海外で高い評価を獲得することで自らの芸術性を逆輸入的に証明していった。

五浦移転と活動の停滞

革新的な表現を追求した日本美術院であったが、世間の不理解や財政難により、その経営は次第に行き詰まりを見せた。1906年（明治39年）、天心は美術院の第一部（絵画）を茨城県の五浦（いづら）に移転させるという大胆な決断を下した。

大観、観山、春草、木村武山らも家族を連れて五浦へ移り住み、太平洋の荒波が打ち寄せる厳しい自然環境と経済的困窮の中で創作活動を続けた。この五浦時代には数々の傑作が生まれたものの、美術院としての組織的な活動は縮小せざるを得なかった。さらに、1913年（大正2年）に精神的支柱であった岡倉天心が死去すると、日本美術院は事実上の休止状態に陥った。

再興日本美術院の結成と「院展」

天心の死から1年後の1914年（大正3年）、横山大観や下村観山らが中心となり、天心の遺志を継ぐ形で日本美術院は再興された。これを一般に「再興日本美術院」と呼ぶ。

再興後は、毎年秋に公募展（通称「院展」）を開催し、政府主導の官展（文展・帝展）に対抗する強力な在野団体として日本画壇を牽引した。院展は自由な創作活動を奨励し、安田靫彦、前田青邨、小林古径、速水御舟といった次世代の天才的な画家たちを次々と輩出していった。日本美術院が掲げた「伝統と革新の融合」という精神は、現在に至るまで日本の美術界に脈々と受け継がれている。